Stage M2S4 (2021-2022)

Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2020-2021.

Le stage se déroulera de janvier à juin 2021. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2021.

Les étudiants M2 BSIB devront effectuer un stage en novembre (M2S3) qui peut-être couplé avec le stage de M2S4.

Responsable de l'équipe d'accueil

MELY
Yves
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03 68 85 42 63

Personne encadrant le stage

MELY
Yves
03 68 85 42 63

Lieu du stage

Laboratoire de Bioimagerie et Pathologies
74 route du Rhin
67401 Illkirch Cedex

Sujet du stage

Repliement et dépliement de quadruplexes de guanine par des protéines de liaison à doigts de zinc.
Les quadruplexes de Guanine (GQ) sont des structures non canoniques d'acide nucléique qui se composent d'au moins deux quartets de guanines maintenues par des interactions d'empilement, des liaisons Hoogsteen et une liaison avec un cation. Les topologies des GQ sont catégorisées en fonction de la direction relative de leurs brins. Les ARN GQ adoptent principalement la topologie parallèle, mais des topologies non parallèles ont aussi été décrites. Les GQ sont largement distribués dans les ARNm et les ARN non codants, où ils régulent l'expression des gènes. In vivo, les ARN GQ seraient dépliés par diverses protéines de liaison à l'ARN (RBP), telles que la protéine de liaison à l'acide nucléique à doigts de zinc (CNBP). Par conséquent, les ARN GQ sont des structures transitoires converties par les RBP entre leurs états replié et déplié. Les ARN GQs et leur protéines régulatrices sont présents dans l’ensemble des espèces vivantes, puisqu’on les retrouve également par exemple dans les virus comme VIH-1 où la protéine NCp7 est capable de les réguler. De manière intéressante, NCp7 possède les mêmes doigts de zinc que CNBP, suggérant des mécanismes communs. Pour explorer la structure et dynamique des GQs ainsi que leur interaction avec les RBP, les techniques de fluorescence sont des techniques de choix pour travailler sur des solutions diluées en explorant une large gamme temporelle de mesures. Cependant, ces techniques nécessitent l’introduction de marqueurs externes, car les bases nucléiques naturelles ne sont quasiment pas fluorescentes. Récemment, des analogues fluorescents de Guanine capables de les remplacer à l’identique, tout en conservant une fluorescence élevée et une réponse sensible à l’environnement ont été développés. En utilisant ces analogues fluorescents, il est possible de remplacer les Guanines des GQ une par une, et ainsi suivre sélectivement leur structure et leur dynamique lors d’interactions avec une protéine. L’objectif de ce stage est de déchiffrer le mécanisme de dépliement/repliement des GQ. Pour atteindre cet objectif, plusieurs étapes seront nécessaires : 1) produire à l’aide de méthodes enzymatiques les GQ modifiés en des positions choisies par les analogues fluorescents de Guanine, 2) produire les protéines NCp7 et CNBP, et 3) étudier par une combinaison de techniques de fluorescence les mécanismes de dépliement/repliement des GQs induits par les protéines. Du fait des potentiels thérapeutiques des ARN mis en évidence dans les vaccinations pour l’instant contre les virus, mais bientôt contre de très nombreuses autres pathologies y compris les cancers, les questions posées ici sont d’une actualité brulante.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début  juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020). 


Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)