Stage M2S4 (2021-2022)

Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2020-2021.

Le stage se déroulera de janvier à juin 2021. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2021.

Les étudiants M2 BSIB devront effectuer un stage en novembre (M2S3) qui peut-être couplé avec le stage de M2S4.

Responsable de l'équipe d'accueil

Klaholz
Bruno
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0369485278

Personne encadrant le stage

Billas
Isabelle
0369485271

Lieu du stage

Department of Integrated Structural Biology
UMR7104 CNRS-UDS, INSERM U1258
1, rue Laurent Fries, BP 10142
F-67404 ILLKIRCH CEDEX

Sujet du stage

Etude strcture-fonction des interactions entre le récepteur des glucocorticoïdes GR et ses partenaires physiologiques
Les récepteurs nucléaires (RNs) représentent une famille de facteurs de transcription ligand-dépendants qui contiennent un domaine N-terminal variable, un domaine de liaison à l’ADN (DBD) bien conservé et un domaine de liaison au ligand (LBD). Plusieurs RNs jouent un rôle important dans la régulation du métabolisme et démontrent des effets anti-inflammatoires et régulateurs de l’immunité. C’est le cas du récepteur des glucocorticoïdes (GR) qui potentialise des voies anti-inflammatoires et bloque l’activité de facteurs de transcription clé de l’inflammation, tels qu’AP-1 et NF-κB. Malheureusement, les molécules anti-inflammatoires ciblant GR ont des effets secondaires néfastes sur le métabolisme. En particulier, ils présentent un risque de développement de diabète de type 2 et provoquent de l’hypertension et une atrophie musculaire. Le but du projet est la compréhension au niveau moléculaire des mécanismes de régulation de la transcription par GR par une approche de biologie structurale intégrative. Des études fonctionnelles seront tout d’abord effectuées, en collaboration, dans des tissus de souris par analyses cistromiques et transcriptomiques. Ces données fonctionnelles permettront de déterminer les gènes régulés par GR et d'autre part, l’identification de nouveaux partenaires tissue-spécifiques et cela fournira une base solide aux études structurales. Nous nous focaliserons sur la production et la purification de GR sous forme native, complète ou tronquée au niveau des différents domaines et des partenaires physiologiques. Puis, nous conduirons des études biophysiques et structurales des complexes associés à GR. La caractérisation biophysique sera faite en utilisant diverses techniques, telles que l’ultracentrifugation analytique et la diffusion de lumière. Des études de cryo microscopie électronique (cryo EM) seront entreprises permettant la reconstruction tridimensionnelle des complexes et l’analyse de leur topologie globale. En parallèle, des essais de cristallisation seront menés afin d‘obtenir des cristaux de complexe protéine/ADN pour des études de cristallographie macromoléculaire. Le projet permettra d’obtenir des informations originales sur l’architecture des homodimères de GR et sur les mécanismes moléculaires du cross-talk entre GR and ses partenaires. Ces études structure-fonction pourront à terme permettre le développement de nouvelles stratégies dans le traitement des maladies inflammatoires et faire avancer notre connaissance des mécanismes de de la transcription chez les eucaryotes.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début  juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020). 


Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)