Stage M2S3 (2018-2019)

Le domaine PDZ, constitué d’un cœur ~90 résidus, reconnait des motifs peptidiques lineaires. Nous nous intéressons au second domaine PDZ de la protéine MAGI-1 ciblé spécifiquement par l’oncoprotéine E6 du virus à papillome humain. Un faisceau de résultats indique qu’une extension en C-ter du PDZ joue un rôle dans cette liaison. Récemment, nous avons résolu par RMN la structure de ce domaine PDZ en complexe avec un peptide issu de E6. Pourtant, le jeu de structures obtenu par RMN montre l’absence de repliement pour cette région, en contradiction avec les autres résultats. Sur ce système, nous avons collecté des données de relaxation paramagnétique (PRE) permettant d’extraire des contraintes longue distance (≤ 50 Å). L’objectif du stage est d’explorer l’espace conformationnel de l’extension C-term, de déterminer un sous-ensemble de structures compatible avec les données expérimentales de PRE et de vérifier l’hypothèse de l’existence d’une conformation transitoire non aléatoire.