Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2016-2017.

Le stage se déroulera de janvier à juin. La soutenance est prévue vers le 12-15 juin.

Responsable de l'équipe d'accueil

Lamour
Valérie
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0369485281

Personne encadrant le stage

Lamour
Valérie
0369485281

Lieu du stage

IGBMC, Dept de Biologie structurale intégrative

Sujet du stage

Etude structurale de l’ADN gyrase bactérienne en complexe avec un antibiotique
Notre équipe de recherche se concentre sur les complexes nucléoprotéiques impliqués dans l'intégration de l'ADN rétroviral et des ADN topoisomérases. Ces dernières sont indispensables à la résolution des problèmes topologiques introduits dans la double hélice de l’ADN lors de la réplication, la transcription et la ségrégation des chromosomes. Ces activités essentielles dans la bactérie en font une cible privilégiée pour les molécules utilisées en antibiothérapie. La lutte contre les souches bactériennes multi-résistantes est un enjeu majeur de santé publique. L'objectif principal de nos activités est d'étudier la relation structure/fonction des complexes associés aux topoisomérases et ciblés par des médicaments. Nous combinons les techniques structurales comme la microscopie électronique, la cristallographie, les techniques biophysiques avec des tests enzymatiques et fonctionnels sur les protéines recombinantes.
Notre équipe a mis en évidence l’architecture tridimensionnelle d’un complexe de l’ADN gyrase, une topoisomérase de type 2 bactérienne, avec un ADN un antibiotique, révélant pour la première fois la structure entière de l’enzyme piégée par une quinolone par cryo-microcopie électronique (Papillon et al, Nucleic Ac. Res. 2013). Nous avons récemment résolu les structures cristallographiques du domaine ATPase de la gyrase d’organismes gram négatif en complexe avec un antibiotique de la famille des aminocoumarines. L’objectif du stage portera sur l’expression et la caractérisation structurale du domaine ATPase d’une gyrase bactérienne d’un organisme gram positif en complexe avec un antibiotique, ainsi que la comparaison des activités de la molécule sur des cultures bactériennes. L’étudiant bénéficiera de l’appui scientifique et technique avérée de l’équipe d’accueil dans ce domaine, ainsi que de l’environnement du département de biologie structurale intégrative à l’IGBMC et ses plateformes technologiques.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 5 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (1er juin en 2017). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (13 et 14 juin en 2017). 


Entretien avec les membres du jury.
Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)