Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2016-2017.

Le stage se déroulera de janvier à juin. La soutenance est prévue vers le 12-15 juin.

Responsable de l'équipe d'accueil

Zanier
Katia
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0368854406

Personne encadrant le stage

Zanier
Katia
0368854406

Lieu du stage

Biotechnologie et signalisation cellulaire (UMR 7242)
Pôle Api - ESBS
300, bld. Sébastien Brandt
CS 10413
F-67412 Illkirch-Cedex

Sujet du stage

Régulation de la voie de signalisation de p53 par la kinase IKKβ
Le suppresseur de tumeur p53 est un facteur de transcription inactivé dans 50% des cancers humains suite à des mutations du gène TP53. Les protéines p63 et p73 appartiennent à la même famille de protéines que p53 et sont considérées comme des homologues fonctionnels de p53. Dans les tumeurs, p63 et p73 sont exprimées sous forme d’isoformes oncogéniques (ΔNp63 et ΔNp73) dépourvues du domaine de transactivation N-terminal et agissent comme inhibiteurs négatifs dominants des protéines de séquence intacte.
Ce projet porte sur la régulation des protéines de la famille p53 par la sous-unité β de la kinase IKK (inhibitor of κB kinase), impliquée dans les réponses inflammatoires, immunitaires et apoptotiques. Il est connu que IKKβ phosphoryle p53, p73 et ΔNp73α. En particulier, la phosphorylation de ΔNp73α par IKKβ favorise l'accumulation nucléaire de cet isoforme, ce qui conduit à l’inhibition de la transcription p53-dépendante.
L'objectif de ce projet est de caractériser les interactions de IKKβ avec les membres de la famille p53. À cette fin, nous avons déjà mis en place des protocoles pour l'expression sous forme recombinante et la purification de plusieurs constructions des protéines IKKβ, p53 et p73/ΔNp73α. Au cours de ce stage, nous utiliserons des techniques biophysiques et biochimiques afin d'identifier les régions minimales impliquées dans les interactions de IKKβ avec p53 et p73/ΔNp73α. De plus, nous allons réaliser des expériences d'activité de kinase dans le but de caractériser les contributions des régions identifiées vis-à-vis de la spécificité de la phosphorylation.
Les résultats obtenus serviront de base pour la conception des complexes protéine-protéine pour des études structurales. Au cours du stage, le candidat développera des expertises dans l’expression et la purification des protéines, dans des techniques de biologie moléculaire (Western Blotting) et dans une gamme de méthodes in vitro pour l’analyse des interactions protéine-protéine (y compris des expériences de pulldown, la spectroscopie RMN et la titration calorimétrique isotherme (ITC)). En outre, il/elle acquérra de l'expérience dans la réalisation et l'analyse des expériences de cinétique enzymatique.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 5 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (1er juin en 2017). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (13 et 14 juin en 2017). 


Entretien avec les membres du jury.
Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)