Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2018-2019.

Le stage se déroulera de janvier à juin. La soutenance est prévue vers le mardi 18 et mercredi 19 juin 2019.

Responsable de l'équipe d'accueil

Marques
Joao T.
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0388417037

Personne encadrant le stage

Marques
Joao T.
0388417037

Lieu du stage

Modèles Insectes d'Immunité Innée (M3i)
CNRS UPR9022/INSERM U1257
Insitut de Biologie Moléculaire et Cellulaire
15 rue Descartes
67000 Strasbourg

Sujet du stage

Uncovering molecular mechanisms of antiviral immunity against Dengue and Zika viruses in Aedes aegypti mosquitoes
Vector-borne diseases are on the rise worldwide with a particular concern over viruses transmitted by Aedes mosquitoes such as Dengue, Zika, Chykungunya and Yellow fever viruses. In the absence of efficient treatments or vaccines for these viral infections, strategies that target mosquito vectors are an alternative to block disease transmission.

Our laboratory has been interested in characterizing natural mechanisms that mediate antiviral resistance in Aedes aegypti mosquitoes. Mosquito antiviral defenses could be exploited to prevent virus infection thus blocking the transmission cycle. We have observed that virus resistant and susceptible mosquitoes co-exist in the same population. Although this dichotomy is broadly observed, the percentages of resistance varies in different mosquito populations. Differences between resistant and susceptible individuals could provide the basis to understand how arboviruses are controlled by the mosquito immune system.

We will apply high-throughput RNA sequencing to characterize the transcriptome of individual mosquitoes that are either resistant and susceptible to Zika virus. We will process and analyze the data utilizing various bioinformatics tools to identify genes expression, single nucleotide polymorphism, deletions and insertions that are differentially represented in resistant and susceptible mosquitoes. We will also apply a systems biology approach to identify biological processes associated with each phenotype. The data generated will be used to create hypotheses that may explain mosquito resistance to Zika virus. These will be tested in laboratory conditions.

Whilst contributing to characterize antiviral resistance in Aedes aegypti mosquitoes, the candidate will gain competences in bioinformatic tools such as analysis of high-throughput RNA sequencing, differential gene expression, basic systems biology as well as many tools for data visualization.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début  juin en 2019). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2019). 


Entretien avec les membres du jury.
Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)