Stage M1S2 (2020-2021)

Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour les M1S2 BSIB.

Le stage se déroulera sur 7 semaines en mars/avril 2021.

Responsable de l'équipe d'accueil

Schacherer
Joseph
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0368852023

Personne encadrant le stage

Friedrich
Anne
0368852023

Lieu du stage

UMR7156
IPCB
4, Allée Konrad Roentgen
67000 Strasbourg

Sujet du stage

Optimisation d’un outil d’analyse de métagénomique ciblée.
Le stage s’inscrit dans le cadre d'un projet plus large, qui vise à caractériser des communautés microbiennes au sein de SCOBYs (Symbiotic Culture Of Bacteria and Yeasts) utilisés pour l’élaboration d’une boisson commerciale, le kombucha. La détermination de la composition microbienne de ces communautés est effectuée par séquençage métagénomique ciblé, ou metabarcoding, en utilisant différents marqueurs taxonomiques.
L’analyse des données de séquençage est actuellement réalisée grâce à l’outil FROGS, via Galaxy. Des limitations sont cependant rencontrées lors de l'étape d'assignation taxonomique. Dans le cadre de ce stage, les outils et banques de données utilisées pour cette étape seront installés en local. De nouvelles approches et d'autres banques seront évaluées et une analyse comparative des résultats obtenus sera menée afin de déterminer la stratégie la plus pertinente pour ces études de communautés microbiennes.

Descriptif

L'étudiant intègre pendant cette période une équipe de recherche. Sous le contrôle d’un tuteur pédagogique, l'étudiant s’initiera au travail quotidien d’un chercheur en suivant les travaux d’une équipe de recherche. Un projet pédagogique simple avec des objectifs à court-terme lui sera proposé afin de se familiariser avec une méthode et/ou une technique parmi celle utilisées dans le domaine. Ce stage pourra aussi être constitué par un travail bibliographique.

Objectifs en termes de compétences

  • Se forger une vision des problématiques et de défis de la discipline,
  • S’initier et découvrir la pensée et la démarche scientifique : les moyens humains et techniques pour répondre à une question biologique,
  • Découvrir les laboratoires associés au master. Utiliser les méthodes et les techniques les plus performantes,
  • Appréhender la vie quotidienne d’une équipe de recherche,
  • Apprendre à travailler en équipe,
  • Développer un regard critique sur un article de recherche,
  • Apprendre à écrire et à structurer un rapport, à tenir un cahier de laboratoire, à faire une présentation orale.

Le contrôle des connaissances du stage en laboratoire

  • un rapport écrit. A rendre pour avril/mai 2021
  • une présentation orale( en mai 2021)
    1. exposé oral
    2. réponses aux questions