Stage M2S3 (2020-2021)

La méthylation de l’ADN est une marque épigénétique qui correspond à l’ajout d’un groupement méthyl en position 5’ des cytosines, et qui contribue à l’organisation et à l’expression du génome. Les approches traditionnelles utilisées pour identifier des variations biologiques de la méthylation de l’ADN se basent principalement sur la comparaison de moyennes, calculées à partir de l’ensemble des lectures couvrant une région génomique donnée, et comparées entre groupes d’échantillons. Au cours des dernières années, des approches alternatives ont été développées pour analyser les profils de méthylation à l’échelle de lectures individuelles (« clusters »), dont l’algorithme CluBCpG, publié récemment [1]. Dans ce contexte, le but du stage sera d’appliquer CluBCpg pour analyser des données de méthylation de l’ADN disponibles dans notre équipe, générées à partir d’une collection de tissus cérébraux humains. Les résultats obtenus formeront la base d’études ultérieures destinées à caractériser comment ces clusters de méthylation pourraient permettre de mieux caractériser l’hétérogénéité épigénétique qui s’associe au sexe, à l’âge, ou encore aux pathologies psychiatriques.

Référence
1) Scott et al, Identification of cell type-specific methylation signals in bulk whole genome bisulfite sequencing data. Genome Biology (2020) 21:156