Stage M2S3 (2020-2021)

Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S3 BSIB 2020-2021.

Le stage se déroulera du entre novembre et décembre 2020 (4 semaines).

Ce stage peut-être adossé au stage de M2S4.

Responsable de l'équipe d'accueil

Piganeau
Gwenael
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0033468887343

Personne encadrant le stage

Piganeau
Gwenael
0033468887343

Lieu du stage

équipe GENOPHY (UMR7232 CNRS Sorbonne Université) Laboratoire Arago,
1 avenue Pierre Fabre
66650 Banyuls sur mer

Sujet du stage

Détection des réarrangements intrachromosomiques dans les populations naturelles de la picoalgue planctonique Ostreococcus (Chlorophyta)
La première analyse de génomique de population naturelle de la picoalgue Ostreococcus tauri a révélé un nouveau type d'hypervariabilité chromosomique (Blanc-Mathieu et al. 2017). Cette hypervariabilité est encore peu quantifiable car elle se caractérise par des réarrangements massifs et des délétions insertions sur un chromosome de 300 à 600 kb. L'objectif de ce premier stage est de faire la synthèse des outils bioinformatiques existants pour caractériser et estimer ce type d'hypervariabilité à partir d'un jeu de données de génomique Illuminaseq et Nanopore.

"Mini-Stage en laboratoire" : 9 ECTS.

 

Descriptif

L'étudiant intègre pendant cette période une équipe de recherche et participe sous le contrôle d'un tuteur de stage aux travaux de recherche de l'équipe.

Durée : 4 semaines, temps complet.

 

Compétences visées

Connaissance par la pratique du métier de chercheur. Comprendre une stratégie de recherche et les solutions proposées. Mise en pratique des connaissances acquises en situation réelle.


Le contrôle des connaissances

Le contrôle des connaissances pour cette UE comporte 2 aspects :

  • un rapport écrit (coefficient 2) (date de remise décembre 2020)
  • une présentation orale (décembre 2020), la date sera précisée :
       - exposé oral (coefficient 4)
       - réponses aux questions (coefficient 3)