Stage M2S3 (2020-2021)

Parmi les 54 facteurs de transcription de la levure Saccharomyces cerevisiae définis par la présence d’un doigt de zinc de type Zn2C6, 49 protéines, dont GAL4, possèdent une région conservée de régulation « MHR-like » d’environ 80 acides aminés (Schjerling & Holmberg, 1996). Ces 43 séquences définissent une famille de protéines, appelées GAL4 family members (GFM) (Poch, 1997). Huit motifs sont conservés au niveau de la région centrale, intégrés dans un grand domaine fonctionnel d’environ 200 à 400 résidus, incluant la région MHR-like. L'analyse des données expérimentales disponibles sur la protéine GAL4 suggère que ce domaine pourrait être impliqué dans la régulation de l'activité de la protéine, en particulier dans une fonction inhibitrice. Depuis, seul un membre de la famille GFM, Cep3, a été étudié d’un point de vue structural, confirmant les hypothèses quant à l’homologie structurale du domaine fonctionnel incluant les huit motifs de tous les membres de la famille.

L’objectif du stage est d’actualiser la définition de la famille GFM, en intégrant des données de séquences protéiques et génomiques récentes. En partant des 49 facteurs de transcription de la levure, la première étape sera de chercher les homologues d’autres espèces représentatifs du domaine fongique dans les bases de données publiques. A partir de cette liste d’homologues, le but est de construire un alignement multiple de séquences de qualité, ainsi qu’un arbre phylogénétique représentant l’évolution des protéines GFM.
Cette étude évolutive contribuera aux développements en cours dans le laboratoire visant à déterminer l’architecture précise en domaines de la famille GFM, de caractériser les aspects tridimensionnels par des approches de modélisation, et de dresser le bilan des partenaires d’interactions connu à ce jour.

Schjerling P, Holmberg S. Comparative amino acid sequence analysis of the C6 zinc cluster family of transcriptional regulators. Nucleic Acids Res 1996 24:4599-607.
Poch O. Conservation of a putative inhibitory domain in the GAL4 family members. Gene. 1997 184:229-35.