Stage M2S3 (2020-2021)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S3 BSIB 2020-2021.
Le stage se déroulera du entre novembre et décembre 2020 (4 semaines).
Ce stage peut-être adossé au stage de M2S4.
Responsable de l'équipe d'accueil
Urbain
Aurélie
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03 68 85 41 80
Personne encadrant le stage
Favre-godal
Quentin
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03 68 85 41 80
Lieu du stage
Chimie Analytique des Molécules Bioactives et Pharmacognosie
IPHC, Faculté de Pharmacie de Strasbourg
74 route du Rhin - CS 60024 - 67401 Illkirch Cédex
IPHC, Faculté de Pharmacie de Strasbourg
74 route du Rhin - CS 60024 - 67401 Illkirch Cédex
Sujet du stage
Optimisation d’une méthode de chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse pour analyse du métabolome d’endophyte fongiques
Les orchidées sont associées à divers champignons endophytes. Ces derniers résident dans le tissu végétal sans causer de blessures ni de maladies apparentes à l'hôte. Ils pourraient avoir des effets bénéfiques sur les plantes hôtes en améliorant la croissance de l'hôte, en contribuant à une défense efficace de l'hôte contre les agents pathogènes herbivores, ou stress abiotique ou même encore en influençant le contenu en métabolites des plantes (métabolome).
Malgré leur importance biologique, peu de mécanismes moléculaires permettant d'établir et de maintenir cette relation sont connus.
Les objectifs de ce travail d’un mois sont de :
• Rechercher dans la littérature des méthodes existantes d’analyses d’extrait de champignons endophytes
• Optimiser une méthode préexistante de chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse qui permettra l’obtention des schémas de fragmentation des molécules présentes dans les extraits
La méthode optimisée sera utilisée lors d’un stage de M2S4 (Etude du métabolome d’une orchidée et de ses endophytes par spectrométrie de masse et approche bio-informatique) pour analyser les différents champignons endophytes de la plante et ainsi identifier les molécules présentes. Lors du stage de M2S4 les données spectrales obtenues seront pré-traitées puis chargées sur le serveur GNPS (gnps.ucsd.edu/) afin de générer les réseaux moléculaires correspondants.
Ce travail est en collaboration avec une industrie. Des échange téléphonique hebdomadaires seront réalisés avec le partenaire industriel.
Malgré leur importance biologique, peu de mécanismes moléculaires permettant d'établir et de maintenir cette relation sont connus.
Les objectifs de ce travail d’un mois sont de :
• Rechercher dans la littérature des méthodes existantes d’analyses d’extrait de champignons endophytes
• Optimiser une méthode préexistante de chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse qui permettra l’obtention des schémas de fragmentation des molécules présentes dans les extraits
La méthode optimisée sera utilisée lors d’un stage de M2S4 (Etude du métabolome d’une orchidée et de ses endophytes par spectrométrie de masse et approche bio-informatique) pour analyser les différents champignons endophytes de la plante et ainsi identifier les molécules présentes. Lors du stage de M2S4 les données spectrales obtenues seront pré-traitées puis chargées sur le serveur GNPS (gnps.ucsd.edu/) afin de générer les réseaux moléculaires correspondants.
Ce travail est en collaboration avec une industrie. Des échange téléphonique hebdomadaires seront réalisés avec le partenaire industriel.
"Mini-Stage en laboratoire" : 9 ECTS.
Descriptif
L'étudiant intègre pendant cette période une équipe de recherche et participe sous le contrôle d'un tuteur de stage aux travaux de recherche de l'équipe.
Durée : 4 semaines, temps complet.
Compétences visées
Connaissance par la pratique du métier de chercheur. Comprendre une stratégie de recherche et les solutions proposées. Mise en pratique des connaissances acquises en situation réelle.
Le contrôle des connaissances
Le contrôle des connaissances pour cette UE comporte 2 aspects :
- un rapport écrit (coefficient 2) (date de remise décembre 2020)
- une présentation orale (décembre 2020), la date sera précisée :
- exposé oral (coefficient 4)
- réponses aux questions (coefficient 3)