Stage M2S3 (2020-2021)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S3 BSIB 2020-2021.
Le stage se déroulera du entre novembre et décembre 2020 (4 semaines).
Ce stage peut-être adossé au stage de M2S4.
Responsable de l'équipe d'accueil
KELLENBERGER
Esther
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03 68 85 42 21
Personne encadrant le stage
BRET
Guillaume
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03 68 85 42 93
Lieu du stage
laboratoire d'innovation thérapeutique UMR7200
CNRS Université de Strasbourg - Faculté de Pharmacie
74 route du Rhin, CS60024
67401 Illkirch-Graffenstaden cedex
CNRS Université de Strasbourg - Faculté de Pharmacie
74 route du Rhin, CS60024
67401 Illkirch-Graffenstaden cedex
Sujet du stage
Configuration du programme GRIM pour le rescoring de solutions de docking
Le computer-aided drug design, ou conception de médicaments assistée par ordinateur, recouvre ensemble de méthodes computationnelles. Quand la structure 3D de la cible thérapeutique est connue, une méthode de choix est le docking, qui prédit le mode de liaison d’un ligand à la cible.
Dans le cadre du stage, l’étudiant(e) travaillera à l’évaluation des solutions docking à l’aide du programme GRIM (Desaphy et al., J Chem Inf Model 2013), qui sélectionne les poses et trie les ligands potentiels par comparaison de modes de liaison de ligands de référence. Ce programme est basé sur la représentation de d’interactions moléculaires par un graphe et la comparaison de poses par détection par cliques. Il n’est applicable qu’aux protéines, dont il ne représente que les chaines peptidiques, les cofacteurs métalliques et les molécules d’eau liées.
En pratique, l’étudiant(e) réalisera une étude comparative (ou benchmarking) des versions 2013 et 2020 de Grim, selon la méthodologie publiée en 2013. De plus, il/elle sera impliqué dans le développement de paramètres pour l’extension de la représentation de la protéine, incluant les cofacteurs de type nucléotides.
Dans le cadre du stage, l’étudiant(e) travaillera à l’évaluation des solutions docking à l’aide du programme GRIM (Desaphy et al., J Chem Inf Model 2013), qui sélectionne les poses et trie les ligands potentiels par comparaison de modes de liaison de ligands de référence. Ce programme est basé sur la représentation de d’interactions moléculaires par un graphe et la comparaison de poses par détection par cliques. Il n’est applicable qu’aux protéines, dont il ne représente que les chaines peptidiques, les cofacteurs métalliques et les molécules d’eau liées.
En pratique, l’étudiant(e) réalisera une étude comparative (ou benchmarking) des versions 2013 et 2020 de Grim, selon la méthodologie publiée en 2013. De plus, il/elle sera impliqué dans le développement de paramètres pour l’extension de la représentation de la protéine, incluant les cofacteurs de type nucléotides.
"Mini-Stage en laboratoire" : 9 ECTS.
Descriptif
L'étudiant intègre pendant cette période une équipe de recherche et participe sous le contrôle d'un tuteur de stage aux travaux de recherche de l'équipe.
Durée : 4 semaines, temps complet.
Compétences visées
Connaissance par la pratique du métier de chercheur. Comprendre une stratégie de recherche et les solutions proposées. Mise en pratique des connaissances acquises en situation réelle.
Le contrôle des connaissances
Le contrôle des connaissances pour cette UE comporte 2 aspects :
- un rapport écrit (coefficient 2) (date de remise décembre 2020)
- une présentation orale (décembre 2020), la date sera précisée :
- exposé oral (coefficient 4)
- réponses aux questions (coefficient 3)