Stage M2S4 (2020-2021)

Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2020-2021.

Le stage se déroulera de janvier à juin 2021. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2021.

Les étudiants M2 BSIB devront effectuer un stage en novembre (M2S3) qui peut-être couplé avec le stage de M2S4.

Responsable de l'équipe d'accueil

LEIZE
Emmanuelle
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0368851626

Personne encadrant le stage

POTIER
Noelle
+33631160883

Lieu du stage

LSMIS - UMR7140
4 rue Blaise Pascal
67082 Strasbourg

Sujet du stage

Analyse structurale d'une protéine membranaire par spectrométrie de masse et spectroscopie infra-rouge
L’information structurale des complexes biologiques non-covalents est actuellement l’un des défis majeurs des scientifiques. Depuis quelques années, de nouvelles approches sont développées en parallèle, en complément ou en interaction avec les techniques d’analyse structurale classiques telles que la diffraction aux rayons X, la RMN ou encore la cryo-microscopie électronique. Parmi ces approches, la spectrométrie de masse et la spectroscopie infra-rouge démontrent un potentiel puissant pour caractériser des complexes biologiques en solution et obtenir des informations structurales majeures pour nous guider vers la génération d’un modèle structural le plus proche possible de l’état physiologique in vivo. Alors que les efforts dans ce domaine s’intensifient, le cas particulier de l’étude des systèmes protéiques membranaires reste un processus difficile et un challenge analytique. Ceci est dû à la grande difficulté à solubiliser les protéines transmembranaires (nécessité d’utiliser des agents de solubilisation souvent non compatibles avec la plupart des techniques biophysiques de caractérisation) et également à reproduire expérimentalement les conditions biophysiques des membranes biologiques quand on purifie ou analyse ces protéines membranaires.

C’est dans ce cadre que se situe notre projet qui vise à l’étude de la Na+NADH :quinone réductase (Na+-NQR) de Vibrio Cholerae. Cette protéine membranaire est une pompe à sodium située dans les bactéries pathogènes, analogue du complexe I de la chaîne respiratoire. La spectrométrie de masse couplée à un pontage chimique covalent et la spectroscopie infra-rouge moyen et lointain seront optimisées puis confrontées afin d’affiner les informations structurales déjà à notre disposition, déterminer si l’activité catalytique de cette protéine repose sur des changements conformationnels et tenter de visualiser ces mouvements structuraux. L’identification des zones pontées et donc proches spacialement se fera par une approche d’analyse protéomique bottom-up suivie d’une validation par des logiciels d’interprétation dédiés au pontage chimique.
Ce stage s’effectuera dans le cadre d’une collaboration entre les laboratoires de Bioélectrochimie et Spectroscopie et de Spectrométrie de Masse des Interactions des Systèmes (UMR7140).

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début  juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020). 


Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)