Stage M2S4 (2020-2021)

Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2020-2021.

Le stage se déroulera de janvier à juin 2021. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2021.

Les étudiants M2 BSIB devront effectuer un stage en novembre (M2S3) qui peut-être couplé avec le stage de M2S4.

Responsable de l'équipe d'accueil

Cianférani
Sarah
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0368852679

Personne encadrant le stage

Bertile
Fabrice
0368852681

Lieu du stage

Institut Pluridisciplinaire Hubert Curien (IPHC)
Département Sciences Analytiques (DSA)

Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique (LSMBO)
ECPM, Bât R5-0
25, rue Becquerel
F - 67087 STRASBOURG Cedex 2

Sujet du stage

Amélioration de la protéomique pour les espèces non modèles et la médecine personnalisée : un pas de bioinformatique en avant
L’étude de l’ensemble des protéines dans une cellule, un organe ou un organisme à l’aide de l’analyse protéomique est largement prépondérante dans les sciences de la vie. Les protéines régissent en effet la plupart des processus et fonctions biologiques. La protéomique reste indissociable de la bioinformatique. Par exemple, l’identification des protéines contenues dans un échantillon donné repose sur utilisation d’algorithmes qui comparent les données expérimentales massives provenant d’analyses de spectrométrie de masse aux données théoriques contenues dans les bases de données protéiques. Toutefois, des bases de données protéiques adéquates ne sont pas toujours disponibles. C’est le cas pour les études réalisées chez un certain nombre d’espèces exotiques, ou lorsqu’il devient nécessaire de personnaliser l’analyse pour des individus donnés. De nouveaux outils de bioinformatique pour générer à façon des bases de données protéiques adéquates sont donc nécessaires.
Le projet sera consacré au développement de protocoles d’annotation in silico des séquences nucléotidiques disponibles. Aujourd’hui, des milliers de séquences génomiques sont disponibles pour la communauté, et le nombre augmente à une vitesse sans précédent. Cependant, les génomes ne sont pas toujours entièrement séquencés et leur annotation n’est pas toujours effectuée. Parfois, seules des données de transcriptomique sont disponibles. La prédiction et l’annotation des séquences génomiques codantes, c’est-à-dire la localisation des gènes (+ la reconnaissance intron-exon pour les eucaryotes) auxquelles une fonction biologique est ensuite affectée, permettront la génération de bases de données protéiques personnalisées et pertinentes. Plusieurs outils d’annotation sont disponibles aujourd’hui, cependant, leur utilisation et la qualité de l’annotation nécessitent un certain nombre de paramètres à contrôler (par exemple la taille des régions codantes, la prédiction des sites d’initiation/terminaison/épissage, la conservation des fonctions au cours de l’évolution). Avant que la mise en œuvre de l’annotation in silico des séquences génomiques ne soit couramment utilisée en laboratoire, un certain nombre de tests doivent être effectués, afin de comprendre comment utiliser les outils bioinformatiques choisis, comment en adapter le paramétrage en fonction des caractéristiques des séquences disponibles et comment évaluer la qualité des annotations générées.
En choisissant une plateforme d’annotation bien acceptée, puis en mettant en place son utilisation experte, ce projet devrait ouvrir la voie à de nouvelles études protéomiques sur des espèces non modèles ainsi qu’à des études personnalisées considérant les exacts variants de séquence des gènes/protéines qu’un individu exprime. Le projet examinera d’abord le cas des procaryotes (pas d’intron), et en fonction des résultats, il sera possible d’augmenter la complexité avec les cas d’eucaryotes.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début  juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020). 


Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)