Stage M2S4 (2020-2021)

Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2020-2021.

Le stage se déroulera de janvier à juin 2021. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2021.

Les étudiants M2 BSIB devront effectuer un stage en novembre (M2S3) qui peut-être couplé avec le stage de M2S4.

Responsable de l'équipe d'accueil

Poch
Olivier
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0368853295

Personne encadrant le stage

Poch
Olivier
0368853295

Lieu du stage

CRBS, 1 Rue Eugène Boeckel, 67000, Strasbourg

Sujet du stage

Développement de méthodes pour l’étude évolutive d’un système complexe biologique : preuve de concept autour des facteurs de transcription fongiques de la famille GAL4
L’étude évolutive d’un système complexe biologique implique la modélisation du/des réseau(x) de communications entre différentes macromolécules, à différentes échelles spatiales et temporelles. Ceci nécessite l’intégration de données hétérogènes concernant les séquences génomiques et protéomiques, les domaines et motifs fonctionnels, les interactions entre protéines, ADN, ARN, ligands, des connaissances sur l’expression/production de ces différents acteurs, sur leur localisation cellulaires, tissulaires… L’étude est rendue difficile par la faible qualité inhérente des données biologiques, qui viennent soit de technologies expérimentales à haut-débit, soit d’algorithmes prédictifs bioinformatiques. Comme cas d’étude, nous réalisons actuellement au laboratoire, une étude approfondie d’une famille de protéines appelées GAL4-family members (GFM) (Poch, 1997), par des approches de profilage phylogénétique, alignement multiple de séquences et modélisation 3D des GFM et leurs partenaires d’interactions connus à ce jour.
L'objectif du stage est de reconstruire les processus impliqués dans l'évolution des protéines multi-domaines et de leurs interactions avec d'autres macromolécules. Cela comprendra le développement de workflows semi-automatiques et de méthodes optimisées nécessaires pour effectuer une analyse de qualité des séquences génomiques et protéiques, la construction d'arbres phylogénétiques de domaines fonctionnels et la réconciliation des différentes histoires évolutionnaires, la modélisation et comparaison des structures 3D des partenaires d'interaction, et la modélisation de l'évolution des réseaux d'interaction. Les méthodes développées seront testées et validées dans le contexte d'un cas d'étude étudié actuellement au laboratoire, à savoir les GAL4-family members.

Schjerling P, Holmberg S. Comparative amino acid sequence analysis of the C6 zinc cluster family of transcriptional regulators. Nucleic Acids Res 1996 24:4599-607.
Poch O. Conservation of a putative inhibitory domain in the GAL4 family members. Gene. 1997 184:229-35.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début  juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020). 


Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)