Stage M2S4 (2020-2021)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2020-2021.
Le stage se déroulera de janvier à juin 2021. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2021.
Les étudiants M2 BSIB devront effectuer un stage en novembre (M2S3) qui peut-être couplé avec le stage de M2S4.
Responsable de l'équipe d'accueil
Personne encadrant le stage
Lieu du stage
11 rue Humann
67085 Strasbourg Cedex
Sujet du stage
Our 20-year expertise in analysing ancient DNA will be applied to setting up a molecular biology testing method to detect and characterise treponemas in samples collected during the 19th and 20th centuries, from individuals suffering from syphilis, embedded in paraffin.
These samples, currently stored at the Strasbourg Institute of Anatomical Pathology (IAP), are complemented by histopathological microscope slides that were used for diagnosis. This presents a unique opportunity to implement a study of the phylogeny of the bacterium through the analysis of a large number of samples preserved before the use of penicillin. The proposed study of 19th and 20th century samples will allow us to give insight into ancient genetic diversity and the subsequent evolution of the pathogen.
The preliminary work of the M2 intern (November-December 2020) will consist in updating the available bibliography concerning Treponema sp. genomes and produce alignments of all published sequences, in order to identify which regions are shared between all species, subspecies and strains, and which regions are diagnostic of these strains. This will include a phylogenetic study of all available sequences.
From January to May 2020, the intern will develop different typing schemes that will allow the molecular identification of the different strains of T. pallidum found in paraffin-embedded samples, collected between 1950 and 1970. The results of these experiments will lead to the analysis of raw data, a second phylogenetic study and the production of a research article, to be published in an international peer-reviewed journal, describing the genetic epidemiology of Syphilis in Alsace during the 20th century and comparing it with current strain and subspecies diversity. This will allow us to highlight significant changes in the history of the pathogen.
Keywords: ancient DNA, bacterial genomes, bioinformatics, biostatistics, phylogenetics
Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant
L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).
Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.
L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
Rapport écrit (coefficient 8)
Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.
Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.
La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.
- Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple. - L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
- Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
- Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
- Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
Laboratoire d'accueil :
Responsable du stage :
Titre du rapport
Mots clés ………………….
Résumé .............................
Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10)
Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020).
Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12)
Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.
Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)