Stage M2S4 (2020-2021)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2020-2021.
Le stage se déroulera de janvier à juin 2021. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2021.
Les étudiants M2 BSIB devront effectuer un stage en novembre (M2S3) qui peut-être couplé avec le stage de M2S4.
Responsable de l'équipe d'accueil
Personne encadrant le stage
Lieu du stage
Sujet du stage
Biology is going through an incredible revolution: current experimental techniques allows us to generate GBs of data in each experiment. In addition, international consortiums gather to address comprehensively specific problems in biology. For instance, the Human Cell Atlas Project aims to map and characterize all cells types in the human body using single-cell genomic techniques as a basis for both understanding human health and diagnosing, monitoring, and treating disease. This goal represents new exciting challenges in Mathematics and Computer Science as novel approaches are required to identify patterns, extract valuable information and produce reliable predictions. Machine Learning techniques have been proven to be a very powerful tool for these tasks. In particular, variational autoencoders have been used to learn reduced dimensional latent spaces from genomic data (see Fig. 1). However, the black-box nature of the methods hinders the interpretability of the latent variables. In this project we aim to develop an interpretable variational autoencoder to model gene regulation from single-cell transcriptomic data (see Fig. 1). Briefly, imposing prior knowledge on gene interactions through the network structure of the decoder will allows us to interpret latent variables as activities of regulatory proteins. Thus, we will be able to infer the key regulators that are responsible for the specific transcriptome in each single cell. Furthermore, using optimal transport theory on the latent regulatory space we will be able to predict the minimum number of regulators that need to be modified to promote a transition from one particular cell type to another. Finally, these results may have important implications to help the development of cell therapies.
Required skills
Very good programming skills will be expected. Good background in mathematics will be a plus. Prior knowledge in biology is not required but certain degree of curiosity to learn new fields will be desirable.
Acquired expertise during the internship
Mastering machine learning and deep neuronal networks. Programming with TensorFlow and Pytorch. Basic learning on genomics and gene regulation. Critical thinking and training for oral and written research communication.
Contact
Nacho Molina (This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.)
Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant
L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).
Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.
L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
Rapport écrit (coefficient 8)
Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.
Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.
La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.
- Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple. - L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
- Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
- Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
- Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
Laboratoire d'accueil :
Responsable du stage :
Titre du rapport
Mots clés ………………….
Résumé .............................
Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10)
Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020).
Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12)
Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.
Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)