Stage M2S4 (2020-2021)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2020-2021.
Le stage se déroulera de janvier à juin 2021. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2021.
Les étudiants M2 BSIB devront effectuer un stage en novembre (M2S3) qui peut-être couplé avec le stage de M2S4.
Responsable de l'équipe d'accueil
Personne encadrant le stage
Lieu du stage
URGI UR1164
bâtiment 18
INRAE
RD10 - Route de St Cyr
78026 Versailles Cedex
France
Sujet du stage
Au sein de l’unité de recherche en Génomique Info (URGI) de l’INRAE de Versailles, un groupe de travail s’intéresse au rôle des éléments transposables (ET) dans la régulation de gènes ou réseaux de gènes. De nombreuses ressources génétiques, génomiques et -omiques sont disponibles chez Arabidopsis thaliana. Pour autant il n’est pas aisé de croiser ces données pour identifier les mécanismes régulateurs de gènes et réseaux de gènes d’intérêts. L’équipe a récemment mis en évidence le rôle fonctionnel d’ETs ancestraux sur la régulation potentielle de réseaux de gènes en lien avec la floraison (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/547877v3). Aujourd’hui, sur les espèces modèle la science sort du dogme à une espèce un génome référence. En effet, il existe plusieurs génomes assemblés de novo et issus de différents environnements pour une espèce. Ces nouveaux jeux de données ouvrent de nouvelles perspectives dans le décryptage des mécanismes d’adaptation à différents environnements. Ce stage s’inscrit dans cette dynamique et plus particulièrement sur le rôle des éléments transposables dans l’adaptation de leur hôte à des conditions environnementales changeantes.
Plusieurs facteurs rentrent en jeu dans les mécanismes d’adaptation à des environnements changeants tels que des stress biotiques (maladies, ravageurs) et abiotiques (stress hydrique, stress thermique et autres). Croiser les connaissances fournies par les séquences des génomes d’Arabidopsis thaliana, avec celles fournies par des approches de génétique quantitative, de détection de polymorphismes (SNP, CNV), de données d’annotations (ETs, TFBS, facteur de transcription) et de transcriptomique, pourrait permettre de mettre en évidence les déterminants génétiques et moléculaires régulant des caractères d’intérêt. Et, s’il y a conservation de déterminisme entre espèces, les données exploitables pour cette espèce modèle seraient transférables à d’autres espèces d’intérêts agronomiques (relations orthologues).
Il y a actuellement un réel besoin de développement d’outils qui permettent (1) d’interroger et de croiser les données acquises en génétique et en -omiques chez Arabidopsis thaliana et les autres espèces végétales de manière intelligente et efficiente et (2) d’explorer les limites entre synténie structurale et fonctionnelle. Ces outils pourront servir à l’amélioration variétale qui doit répondre à de nouveaux enjeux comme le réchauffement climatique et la transition agro-écologique.
Objectif :
Le stage aura pour objectif d’intégrer des données hétérogènes produites chez Arabidopsis thaliana, dans une base de données de type « graphe » (Neo4j) pour ensuite pouvoir les interroger.
Travail demandé :
Dans un premier temps, le(a) candidat(e) se familiarisera d’une part avec les données sur Arabidopsis thaliana disponibles au sein de l’équipe et dans la littérature. Ces données générées au laboratoire et issues de bases publiques devront être traitées pour être insérées dans une base pilote sur la thématique de l’adaptation aux conditions environnementales fluctuantes. La finalité de ce pilote sera le transfert de données d’une espèce végétale à l’autre. Ce corpus de données sera constitué à la fois de données acquises (annotations d’ETs) et de données à produire par des méthodes bio-informatiques (proximité TE-gène…). Le(a) candidat(e) devra enfin pouvoir proposer une automatisation de l’insertion des données en base et des visualisations permettant une interrogation accessible et reproductible.
Compétences techniques recherchées :
Le(a) candidat(e) devra être en cours de Master 2 en bio-informatique et être familier(e) avec un environnement linux. De bonnes notions en biologie végétale, en génomique, en génétique, en transcriptomique seraient souhaitées. Le langage de programmation utilisé pour le traitement des données sera Python et une connaissance SQL serait appréciée, de même qu’une appétence envers les technologies Docker et NoSQL.
Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant
L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).
Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.
L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
Rapport écrit (coefficient 8)
Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.
Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.
La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.
- Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple. - L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
- Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
- Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
- Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
Laboratoire d'accueil :
Responsable du stage :
Titre du rapport
Mots clés ………………….
Résumé .............................
Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10)
Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020).
Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12)
Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.
Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)