Stage Master

Dans notre laboratoire nous utilisons une approche de biologie des systèmes afin de décrire les organismes vivants comme un ensemble défini par les interactions entre les constituants qui le compose. Le challenge de l’ère des “Big data“ issues de la génomique va au-delà de l’acquisition des données associées aux constituants d’un système. En effet le challenge réside dans l’utilisation de ces données pour des études comparatives et intégratives afin de mieux reconstituer la complexité des systèmes. Seul ce type d’approche peut permettre de comprendre en profondeur les réorganisations physiologiques ou pathologiques qui se produisent lors de l’acquisition d’un nouvel état normale (comme lors de la différentiation cellulaire), ou d’un état aberrant (comme lors de la transformation tumorale). Les données générées par le séquençage haut-débit sont importantes pour pouvoir décortiquer les réseaux de régulation génétique impliqués dans l’établissement et le maintien de l’identité cellulaire. Dans le contexte de la médecine personnalisée, les analyses de données relatives à des états pathologiques vont étendre la découverte de marqueurs biologiques et de cibles thérapeutiques, et vont améliorer la caractérisation des cellules pour la médecine régénérative.

Le projet de Master2 proposé dans notre laboratoire sera intégré à notre objectif de comprendre le plus finement possible comment s’orchestrent les transitions de l’identité cellulaire (la différentiation cellulaire, la transformation tumorale, et la reprogrammation cellulaire). Nous employons principalement comme modèles d’études des lignées cellulaires humaines. L’étudiant utilisera des approches à la fois in vitro de biologie moléculaire, et in silico de bioinformatiques.

Dans notre équipe nous hébergeons une large collection d’indicateurs de qualité de données publiques issues du deep sequencing (www.ngs-qc.org). Le projet consistera donc aussi à exploiter ces données pour des études comparatives / intégratives afin de reconstruire les réseaux de régulation clés impliqués dans l’identité cellulaire (en utilisant les modèles cellulaires développés au laboratoire).