Responsable de l'équipe d'accueil

Schacherer
Joseph
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0368851961

Personne encadrant le stage

Friedrich
Anne
0368851814

Lieu du stage

UMR7156 - GMGM
Institut de Botanique
28 rue Goethe
67000 Strasbourg

Sujet du stage

Etude de la variabilité intraspécifique au sein des levures
Le sujet de ce stage porte sur l’étude de la variabilité intraspécifique au sein d’espèces de levures. Les levures représentent en effet des organismes de choix, de part leurs génomes, petits et compacts, qui permettent un séquençage aisé et à bas cout, mais également grâce à leur facilité de manipulation au laboratoire.
Ce projet repose sur le séquençage complet de dizaines d’isolats, en combinant des séquençages « classiques » de type Illumina et des techniques plus récentes comme le MinION, qui a la particularité de générer des lectures longues (jusqu’à 100 kb). Ces dernières sont plus adaptées à la détection de variants structuraux et la localisation précise d’éléments répétés dans les génomes.
L’ensemble des analyses menées permettra d’obtenir une vue exhaustive de la diversité génétique au sein des espèces traitées. Ces données pourront ensuite être confrontées aux différences phénotypiques observées entre ces mêmes isolats, de manière à mieux comprendre les liens génotype/phénotype au sein des levures.