Stage M1S2 (2019-2020)

L’écrevisse noble Astacus astacus est un Crustacé décapode d’eau douce que l’on trouve en Europe, notamment dans l’est de la France, en Allemagne et dans les pays scandinaves. Cette espèce autochtone a une importance considérable dans les écosystèmes aquatiques mais est actuellement menacée. Elle est en effet concurrencée par des espèces invasives nord-américaines qui disséminent Aphanomyces astaci, un oomycète pathogène responsable de la peste de l’écrevisse. Les écrevisses américaines sont résistantes tandis que ce pathogène décime les populations d’Astacus astacus, avec toutefois des variations de résistance selon les populations.

L’objectif du stage est d’étudier le transcriptome d’Astacus en réponse à une infection contrôlée par la peste de l’écrevisse. Il consistera à analyser les données RNA-seq issues de 40 échantillons (séquençage Illumina Novaseq Paired End 150 bp) afin d’identifier les gènes dont l’expression est modifiée lors de l’infection.

Ce stage s’inscrit dans un projet à plus long terme visant à identifier les gènes et voies qui sous-tendent les mécanismes de défense chez l’écrevisse en vue de sélectionner et d’élever des individus résistants d’A. astacus qui pourront être réintroduits dans les écosystèmes. Ce projet fait l’objet d’une collaboration entre 3 équipes :
- Complex Systems and Translational Bioinformatics (ICUBE, Strasbourg),
- Conservation genetics (University of Koblenz-Landau/Institute for Environmental Sciences),
- Adaptation des Animaux et Gestions Environnementales (IPHC, Strasbourg).

Mots clés : NGS - Transcriptomique - Biologie de la conservation – Biodiversité - Ecologie