Stage M1S2 (2019-2020)

Environnement scientifique
Les recherches menées par l’équipe « Lumière, Vision et Cerveau » depuis ces dernières années ciblent principalement la rétine. Plus précisément, l’équipe s’intéresse à son développement, la communication cellulaire, le contrôle physiologique journalier et les pathologies, mais aussi son influence, en tant que tissus photosensible, sur les rythmes cérébraux et l’homéostasie. Pour cela l’équipe a développé des approches et méthodes permettant de caractériser les conséquences physiologiques de l’activité du rythme circadien en lien avec la perception de la lumière et des fonctions visuelles (résumé dans Felder-Schmittbuhl et al 2018). De plus, l’équipe a récemment contribué aux approches génomiques haut-débit grâce à des collaborations nationales et internationales (Pays-Bas, USA) (Sandu et al, en préparation).
Description du projet
L’horloge circadienne est le coeur de la fonction visuelle, car elle adapte la physiologie de la rétine au cycle jour/nuit. L’horloge circadienne contrôle le temps à travers des régulations transcriptionnelles complexes. En réponse aux changements environnementaux, les protéines de l’horloge recrutent des facteurs de transcriptions (TF) et des modulateurs épigénomiques spécifiques à un type cellulaire, sur les sites promoteur/enhanceur. Cette fixation permet de moduler les programmes d’expression des gènes (Menet et al 2014; Trott & Menet 2018). Cependant dans la rétine les analyses de régulation dépendent de l’horloge au niveau du génome sont quasi inexistantes. Des données préliminaires d’un transcriptome réalisé sur la rétine de rongeur au cours d’un cycle jour/nuit de 24h ont révélé un enrichissement en gènes impliqués dans le transport intracellulaire (Sandu et al, en préparation). Le projet aura alors pour but de comprendre comment l’horloge circadienne régule la dynamique transcriptionnelle du transport intracellulaire sur 24h dans la rétine.
Objectifs du stage
L’étudiant se forme à l’utilisation de plusieurs outils, afin de:
1/Générer plusieurs listes de séquences nucléotidiques non codantes, qui régulent potentiellement des gènes du transport intracellulaire.
2/Rechercher de nouveaux sites de liaisons à des facteurs de transcriptions (TFBS), en utilisant différentes approches et outils (logiciels, outils en ligne, …) (Bery et al 2013, 2016; Bardet, en préparation).
3/Interpréter et visualiser les résultats
Au cours du stage l’étudiant sera encadrer par une enseignante-chercheure, qui s’assurera du bon avancement du projet et de réalisation de l’ensemble des objectifs. Un soutien supplémentaire sera apporté avec le concours d’une chercheure en Bioinformatique (Anaïs Bardet, ESBS, Illkirch).