Stage M2S3 (2019-2020)

Le sujet de ce stage porte sur l’étude de la variabilité intraspécifique au sein d’espèces de levures, qui représentent des organismes de choix en génomique des populations, en particulier de par la taille et la compaction de leur génome, qui permet un reséquençage aisé et abordable.
Ce projet repose sur le reséquençage d’un grand nombre de souches de levures, en combinant des techniques « classiques » (type Illumina), qui permettent de générer des lectures courtes, à des techniques plus récentes, comme le MinION proposé par Oxford Nanopore, qui permettent de générer des lectures « longues » (jusqu’à 100 kb).
L’ensemble des analyses menées permettra d’obtenir une vue exhaustive de la diversité génétique au sein des espèces traitées, aussi bien au niveau des variants nucléotidiques qu’au niveau des variants structuraux.
Ces données sont vouées à être confrontées aux différences phénotypiques observées entre ces souches, de manière à mieux comprendre les liens génotype/phénotype.