Stage M2S3 (2019-2020)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S3 BSIB 2019-2020.
Le stage se déroulera du 12 nov au 6 décembre 2019 (4 semaines).
Responsable de l'équipe d'accueil
Weber
Michaël
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0368854435
Personne encadrant le stage
Bardet
Anaïs
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0368854701
Lieu du stage
CNRS UMR7242 - ESBS
300 Bd Sébastien Brant
67412 Illkirch
300 Bd Sébastien Brant
67412 Illkirch
Sujet du stage
Développement d'une application web avec l'outil R shiny pour la visualisation de données génomiques
Nous étudions la sensibilité des facteurs de transcription à la methylation de l'ADN et avons utilisé des données génomique disponibles dans la base de données The Cancer Genome Atlas (https://portal.gdc.cancer.gov/) afin de prédire les facteurs de transcription pouvant impacter les marques de méthylation de l'ADN dans différents cancers.
Le but de ce stage et de se familiariser avec le langage de programmation R et de developper une application web à l'aide du package R shiny (https://shiny.rstudio.com/) afin de pouvoir explorer et analyser les données sur lesquelles s'appuient nos prédictions.
Example d'application développée par un stagiaire précedent: TFmotifView (http://bardet.u-strasbg.fr/tfmotifview/)
Ce stage sera réalisé sous la direction d'Anaïs Bardet, chercheur en bioinformatique (http://anaisbardet.cnrs.fr/) dans l'équipe de Michaël Weber (http://bsc.unistra.fr/en/research-teams/team-weber/presentation/).
Le but de ce stage et de se familiariser avec le langage de programmation R et de developper une application web à l'aide du package R shiny (https://shiny.rstudio.com/) afin de pouvoir explorer et analyser les données sur lesquelles s'appuient nos prédictions.
Example d'application développée par un stagiaire précedent: TFmotifView (http://bardet.u-strasbg.fr/tfmotifview/)
Ce stage sera réalisé sous la direction d'Anaïs Bardet, chercheur en bioinformatique (http://anaisbardet.cnrs.fr/) dans l'équipe de Michaël Weber (http://bsc.unistra.fr/en/research-teams/team-weber/presentation/).
"Mini-Stage en laboratoire" : 9 ECTS.
Descriptif
L'étudiant intègre pendant cette période une équipe de recherche et participe sous le contrôle d'un tuteur de stage aux travaux de recherche de l'équipe.
Durée : 4 semaines, temps complet.
Compétences visées
Connaissance par la pratique du métier de chercheur. Comprendre une stratégie de recherche et les solutions proposées. Mise en pratique des connaissances acquises en situation réelle.
Le contrôle des connaissances
Le contrôle des connaissances pour cette UE comporte 2 aspects :
- un rapport écrit (coefficient 2) (date de remise décembre 2019)
- une présentation orale (décembre 2019), la date sera précisée :
- exposé oral (coefficient 4)
- réponses aux questions (coefficient 3)
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