Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2016-2017.

Le stage se déroulera de janvier à juin. La soutenance est prévue vers le 12-15 juin.

Responsable de l'équipe d'accueil

Gronemeyer
Hinrich
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03 88 65 34 73

Personne encadrant le stage

Mendoza-Parra
Marco
03 88 65 34 19

Lieu du stage

IGBMC, Illkirch

Sujet du stage

Identification des facteurs clés de l’identité cellulaire par une approche de biologie des systèmes.
Dans notre laboratoire nous utilisons une approche de biologie des systèmes afin de décrire les organismes vivants comme un ensemble défini par les interactions entre les constituants qui le compose. Le challenge de l’ère des “Big data“ issues de la génomique va au-delà de l’acquisition des données associées aux constituants d’un système. En effet le challenge réside dans l’utilisation de ces données pour des études comparatives et intégratives afin de mieux reconstituer la complexité des systèmes. Seul ce type d’approche peut permettre de comprendre en profondeur les réorganisations physiologiques ou pathologiques qui se produisent lors de l’acquisition d’un nouvel état normale (comme lors de la différentiation cellulaire), ou d’un état aberrant (comme lors de la transformation tumorale). Les données générées par le séquençage haut-débit sont importantes pour pouvoir décortiquer les réseaux de régulation génétique impliqués dans l’établissement et le maintien de l’identité cellulaire. Dans le contexte de la médecine personnalisée, les analyses de données relatives à des états pathologiques vont étendre la découverte de marqueurs biologiques et de cibles thérapeutiques, et vont améliorer la caractérisation des cellules pour la médecine régénérative.

Le projet de Master2 proposé dans notre laboratoire sera intégré à notre objectif de comprendre le plus finement possible comment s’orchestrent les transitions de l’identité cellulaire (la différentiation cellulaire, la transformation tumorale, et la reprogrammation cellulaire). Nous employons principalement comme modèles d’études des lignées cellulaires humaines. L’étudiant utilisera des approches à la fois in vitro de biologie moléculaire, et in silico de bioinformatiques.

Dans notre équipe nous hébergeons une large collection d’indicateurs de qualité de données publiques issues du deep sequencing (www.ngs-qc.org). Le projet consistera donc aussi à exploiter ces données pour des études comparatives / intégratives afin de reconstruire les réseaux de régulation clés impliqués dans l’identité cellulaire (en utilisant les modèles cellulaires développés au laboratoire).

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 5 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (1er juin en 2017). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (13 et 14 juin en 2017). 


Entretien avec les membres du jury.
Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)