Stage M2S4 (2016-2017)

Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2016-2017.

Le stage se déroulera de janvier à juin. La soutenance est prévue vers le 12-15 juin.

Responsable de l'équipe d'accueil

Weber
Michael
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+33 3 68 85 44 35

Personne encadrant le stage

Bardet
Anaïs
+33 3 68 85 44 35

Lieu du stage

University of Strasbourg/CNRS
ESBS
300, Bd Sébastien Brant
BP 10413
67412 Illkirch cedex

Sujet du stage

Features of cell type specific binding of transcription factors
Binding of sequence-specific transcription factors (TFs) to DNA regulates transcriptional gene expression. In addition, epigenetic marks characterize regions with distinct regulatory functions. For example, DNA methylation is thought to repress the physical access of transcription factors to DNA. We have recently shown that binding of the TF NRF1 is indeed repressed by DNA methylation genome-wide and that it relies on other transcription factors to create a hypomethylated motif (Domcke/Bardet et al. Nature 2015).

During this internship, you will investigate the dynamics of NRF1 binding in different cell types. Using DNase hypersensitivity profiling and TF sequence motifs, you will infer NRF1 binding across mouse and human cell types. You will use matching profiles of DNA methylation to validate its sensitivity to DNA methylation. Finally, you will explore the cooperativity of NRF1 with other TFs to better understand the features of NRF1 binding.

Throughout this work, you will integrate a large variety of published sequencing datasets (ChIP-seq, DNase-seq, Bis-seq, RNA-seq) across cell types and species and using a machine learning approach combine them to the underlying sequence information (e.g. TF motifs, sequence composition) to identify features of TF binding.

Skills:
- Bioinformatics background with experience working in a linux environment
- Good level in a scripting language (e.g. bash, python, perl) and R as well as data analysis techniques and statistics
- Previous experience working with NGS datasets is a plus
- Good knowledge of biology and interest in genomics and gene regulation
- Ability to work in a team with both experimental and computational biologists
- Good level in spoken and written english

This internship can be extended to a PhD project.

Contact: Anaïs Bardet, CR2 CNRS
Please send a cover letter, CV and grades and ranking to This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Do not hesitate to contact us for more details

Laboratory: Michaël Weber - Epigenetic regulation of cell identity - UMR 7242
http://irebs.cnrs.fr/spip.php?rubrique186

References
- Domcke S*, Bardet AF*, Ginno P, Hartl D, Burger L, Schübeler D. Competition between DNA methylation and transcription factors determines binding of NRF1. Nature (2015) 528(7583):575-9
- Bardet AF*, Steinmann J*, Bafna S, Knoblich JA, Zeitlinger J, Stark A. Identification of transcription factor binding sites from ChIP-seq data at high-resolution. Bioinformatics (2013) 29(21):2705-13
- Bardet AF, He Q, Zeitlinger J, Stark A. A computational pipeline for comparative ChIP-seq analyses. Nature Protocols (2012) 7(1):45-61
- He Q*, Bardet AF*, Patton B, Purvis J, Johnston J, Paulson A, Gogol M, Stark A, Zeitlinger J. High conservation of transcription factor binding and evidence for combinatorial regulation across six Drosophila species. Nature Genetics (2011) 43(5):414-20

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 5 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (1er juin en 2017). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (13 et 14 juin en 2017). 


Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)

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