Stage M2S4 (2016-2017)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2016-2017.
Le stage se déroulera de janvier à juin. La soutenance est prévue vers le 12-15 juin.
Responsable de l'équipe d'accueil
Personne encadrant le stage
Lieu du stage
Batiment 5 - 860 rue de St Priest
34095 Montpellier
Sujet du stage
Valider le placement phylogénétique sur de nombreuses familles virales nécessite de nombreuses connaissances liées à ces particularités. Nous proposons donc un stage dont le but est l'établissement d'un « benchmark » d'évenements de réticulation viraux. Ceci se fera via la séléction de gènes informatifs, l'établissement d'alignements et d'arbres de références de qualité dans plusieurs famille virale. Ces alignments/arbres de références seront alors enrichis en évenements de réticulation sous forme de métadonnées afin de construire un benchmark sous forme de base de données SQL.
Le candidat se focalisera sur 3 points :
1) Le choix des genres introduits dans le benchmark, qui optera pour la maximisation des scénarios d'analyses possibles. Actuellement, les Coronavirus, les Poxvirus, les Herpesvirus et les Orthomyxovirus sont des candidats prioritaires, mais libre au candidat d'étendre le benchmark à d'autres familles.
2) Pour chaque candidat au benchmark, le candidat établira des alignments et des arbres phylogénétiques de références : un pipeline basique permettant de télécharger et formater les données correspondantes sera mis en place.
3) Finalement, le candidat utilisera sur le benchmark plusieurs outils de placement phylogénétique de métaviromes (dont celui du laboratoire). Des métagénomes seront placés sur le benchmark pour tester son intégrité et confirmer sa polyvalence. Ici, le candidat pourrait être amené à interagir avec notre logiciel qui en cours de développement, participer à son amélioration, son extension voir directement intervenir dans sa programmation (selon motivation). Cependant, l'analyse des résultats de placement phylogénétique et la validation du benchmark resteront la priorité.
Déroulement du stage :
Le candidat effectuera un stage de 6 mois sous la tutelle de Benjamin Linard et Fabio Pardi, au LIRMM de Montpellier (campus St-Priest), équipe MAB (Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique) sous le projet européen VIROGENESIS. Le stage pourra commencer au choix en janvier ou février 2016.
Le candidat sera rémunéré selon la valeur actuelle des gratifications de stage ( ~554€ / mois).
Profil souhaité :
-Motivation : un intérêt à la fois porté sur les analyses et développements bioinformatiques / informatiques (alignments, arbres phylogénétiques, pipelines) mais aussi l'aspect biologique du projet (beaucoup de recherche et de réflexion sur la génomique des virus).
-Bioinformatique : Le scripting en bash ou un autre langage seront obligatoires pour la construction du benchmark et l'analyse de données car des centaines de Gb seront manipulés. Selon l'avancement, le benchmark pourrait être implémenté sous forme de base de donnée SQLite + interface basique ou site web.
-Biologie : De bonne bases en génomique seront grandement appréciées, la première partie du stage demandant un minimum de jugement biologique.
Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant
L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).
Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.
L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
Rapport écrit (coefficient 8)
Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.
Les candidats remettront 5 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.
La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (1er juin en 2017). Les versions PDF et papier devront être identiques.
- Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple. - L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
- Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
- Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
- Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
Laboratoire d'accueil :
Responsable du stage :
Titre du rapport
Mots clés ………………….
Résumé .............................
Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10)
Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (13 et 14 juin en 2017).
Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12)
Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.
Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)
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