Stage M2S4 (2018-2019)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2018-2019.
Le stage se déroulera de janvier à juin. La soutenance est prévue vers le mardi 18 et mercredi 19 juin 2019.
Responsable de l'équipe d'accueil
Personne encadrant le stage
Lieu du stage
Biopôle de l'Université de Lorraine
Campus Brabois Santé
9 Avenue de la Forêt de Haye
BP 20199
54505 Vandoeuvre Les Nancy
et
LORIA, UMR 7503 CNRS-UL
Campus scientfique Vicotr Grignard, boulevard des Aiguillettes,
BP239
54506 Vandoeuvre les Nancy cedex
Sujet du stage
Il s’agira, en étudiant les interactions moléculaires croisées de ces deux molécules sur leurs récepteurs protéiques respectifs, de mettre en évidence des interactions et des mécanismes communs jusqu'alors inexplorés pour ces deux molécules de classes chimiques non apparentées dont les propriétés anti-inflammatoires et anti-calcifiantes présentent un intérêt thérapeutique certain.
Afin de caractériser les relations et similitudes entre l’éplérénone et le DHA sur leurs récepteurs dans les cellules articulaires et cardiovasculaires, ce projet sera articulé selon deux axes complémentaires:
1. Comparaisons physico-chimiques et structurales des ligands
Si l’hypothèse d’un partage de récepteurs est correcte, elle peut s’expliquer simplement par une ressemblance structurale entre les molécules éplérénone et DHA. Après échantillonnage des conformations 3D possibles pour ces deux composés, des programmes de comparaison tri-dimensionnelle seront appliqués à la paire éplérénone-DHA et les meilleures superpositions de conformères seront visualisées et étudiées afin d’en déduire des propriétés physico-chimiques et des structures 3D communes.
Il est possible cependant que ces molécules ne se superposent pas parfaitement mais partagent seulement des éléments de structures leur permettant de se positionner l’un et l’autre dans la poche du même récepteur (pharmacophores). Une recherche de telles sous-structures sera envisagée.
2. Docking ligand-récepteur
Les récepteurs à considérer sont d’une part le récepteur aux minéralocorticoïdes (RM), d’autre part les récepteurs aux acides gras polyinsaturés (FFAR1-4). Pour ces deux types de récepteurs, les structures disponibles dans la PDB seront analysées afin de sélectionner les plus intéressantes pour le docking en terme de qualité et de ligand déjà positionné dans la poche. Ces structures seront alors traitées par dynamique moléculaire pour en isoler les conformations représentatives et serviront pour effectuer les simulations de docking avec les ligands. Un effort particulier sera fait pour agréger les résultats obtenus avec chaque récepteur afin de pouvoir conclure en faveur ou non de la plausibilité d’une interaction avec le ligand non canonique.
Les résultats de cette étude bioinformatique renforceront ou non l’hypothèse d’une interaction croisée entre les ligands et les récepteurs considérés. Ils permettront d’interpréter des expériences réalisées au laboratoire IMoPA sur des chondrocytes en culture.
Si les résultats ne sont pas concluants, il faudra élargir la gamme de récepteurs étudiés en réalisant au besoin des modèles 3D par homologie afin de rechercher de façon plus systématique quel est le récepteur partagé par l’éplérénone et le DHA (ou ses dérivés) qui permet d’expliquer les similitudes d’effet entre ces deux types de molécules. Les expériences menées en parallèle au laboratoire IMoPA sur les cellules en culture permettront d’orienter le choix des récepteurs à tester.
L’équipe CAPSID du LORIA a publié de nombreux articles dans le domaine du criblage virtuel et possède toute l’expertise nécessaire en boinformatique structurale pour mener à bien cette recherche. Une partie du travail du stagiaire M2 s’effectuera au LORIA.
Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant
L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).
Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.
L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
Rapport écrit (coefficient 8)
Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.
Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.
La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début juin en 2019). Les versions PDF et papier devront être identiques.
- Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple. - L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
- Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
- Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
- Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
Laboratoire d'accueil :
Responsable du stage :
Titre du rapport
Mots clés ………………….
Résumé .............................
Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10)
Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2019).
Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12)
Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.
Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)
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