Stage M2S4 (2019-2020)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2019-2020.
Le stage se déroulera de janvier à juin 2020. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2020.
Responsable de l'équipe d'accueil
Personne encadrant le stage
Lieu du stage
Faculté de Médecine
11 rue Humann
67085 Strasbourg
Sujet du stage
L’objectif du stage est d’assembler et d’annoter le génome d’A. astacus dont le séquençage est actuellement en cours (technologie MinION). L’annotation pourra s’appuyer sur des données transcriptomiques disponibles (Theissinger et al. 2016). Le génome dont la taille estimée est de 2 GB sera ensuite comparé au génome triploïde de l’écrevisse marbrée, espèce invasive et parthénogénétique, récemment séquencée (Gutekunst et al. 2018). Cette comparaison permettra d’explorer l’évolution des génomes de ces deux familles de Décapodes, proches d’un point de vue taxonomique mais avec des systèmes de reproduction complètement différents. Une attention particulière sera portée au système immunitaire des deux espèces afin de générer des hypothèses sur les mécanismes de résistances à la peste de l’écrevisse.
Ce stage s’inscrit dans un projet à plus long terme qui fait l’objet d’une collaboration entre 3 équipes :
- Complex Systems and Translational Bioinformatics (ICUBE, Strasbourg),
- Conservation genetics (University of Koblenz-Landau/Institute for Environmental Sciences),
- Adaptation des Animaux et Gestions Environnementales (IPHC, Strasbourg).
Le séquençage du génome sera couplé à des études transcriptomiques par RNA-seq. Le génome constituera une référence pour l’étude des profils d’expression des gènes de l’écrevisse marbrée et de l’écrevisse noble (individus sensibles/individus résistants) après une infection contrôlée par A. astaci. L’objectif est d’identifier les gènes et voies qui sous-tendent les mécanismes de défense chez l’écrevisse en vue de sélectionner et d’élever des individus résistants d’A. astacus qui pourront être réintroduits dans les écosystèmes.
Références
Souty-Grosset, C., Holdich, D.M., Noël, P.Y., Reynolds, J., Haffner, P., (Eds.), (2006). Atlas of Crayfish in Europe. Muséum national d’Historie naturelle, Paris, France.
Gutekunst, J., Andriantsoa, R., Falckenhayn, C., Hanna, K., Stein, W., Rasamy, J., Lyko, F. (2018) Clonal genome evolution and rapid invasive spread of the marbled crayfish. Nature Ecol Evol 2(3):567-573.
Theissinger, K., Falckenhayn, C., Blande, D., Toljamo, A., Gutekunst, J., Makkonen, J., Jussila, J., Lyko, F., Schrimpf, A., Schulz, R., Kokko, H., 2016. De Novo assembly and annotation of the freshwater crayfish Astacus astacus transcriptome. Mar. Genomics 28 :7-10.
Mots clés : NGS - Génomique - Génomique comparative - Biologie de la conservation – Biodiversité - Ecologie
Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant
L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).
Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.
L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
Rapport écrit (coefficient 8)
Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.
Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.
La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.
- Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple. - L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
- Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
- Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
- Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
Laboratoire d'accueil :
Responsable du stage :
Titre du rapport
Mots clés ………………….
Résumé .............................
Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10)
Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020).
Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12)
Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.
Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)
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