Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2019-2020.

Le stage se déroulera de janvier à juin 2020. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2020.

Responsable de l'équipe d'accueil

Kieffer
Bruno
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03 68 85 47 22

Personne encadrant le stage

Deville
Célia
03 68 85 47 25

Lieu du stage

IGBMC
Département de Biologie Structurale Intégrative
1 rue Laurent Fries
67404 Illkirch

Sujet du stage

Etude structurale et dynamique de la région intrinsèquement désordonnée du récepteur des androgènes.
Le récepteur des androgènes (AR) est un facteur de transcription impliqué dans le développement et le maintien du phénotype male et dans la régulation de la masse musculaire, de la densité osseuse et du comportement chez les deux sexes. Il joue également un rôle clé dans le développement du cancer de la prostate et dans l’évolution de cette maladie vers une forme résistante aux thérapies chimiques via l’apparition de variants du récepteur.

Membre de la famille des récepteurs nucléaires, il comporte un domaine central de liaison à l’ADN (DBD), un domaine C-terminal de liaison au ligand (la dihydrotestostérone) responsable de l’activation du récepteur (LBD) et un domaine N-terminal (NTD) [1]. Ce dernier, long de 550 acides aminés, a la particularité d’être intrinsèquement désordonné, c’est-à-dire qu’il ne possède pas de structure tridimensionnelle stable en solution [2]. Cette région est toutefois cruciale pour le contrôle de l’activité de AR via des interactions avec de nombreux partenaires (co-régulateurs et facteurs de transcription) et des modifications post-traductionnelles (phosphorylation, oxydation, sumoylation...) [3]. L’importance fonctionnelle de cette région désordonnée est soulignée par l’identification de nombreuses mutations chez des patients atteints de cancer de la prostate. La Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) est la seule méthode permettant de caractériser à l’échelle atomique les variations de dynamique et de l’ordre/désordre associées à des interactions ou des modifications post-traductionnelles [4].

L’objectif du stage de master est de collecter des informations sur le comportement structural et dynamique de la région N-terminale de AR, seule et en présence de co-régulateurs, principalement par RMN afin de comprendre les mécanismes de régulation de la transcription à l’échelle moléculaire. Pour mener à bien ce projet, l’étudiant·e utilisera des approches de biochimie (production et purification de protéines, marquage isotopique), biophysique (DLS, MST, DSF) et de biologie structurale intégrative (RMN, cristallographie et microscopie électronique).

[1] Kumar and McEwan Endocrine reviews, 33(2) : 271–299, 2012.
[2] Wright and Dyson, Nat. Rev. Mol. Cell. Biol, 16 : 18-29, 2015.
[3] Filtz et al. Trends in Pharmacological Sciences, 35(2) : 76–85, 2014.
[4] Schneider et al. Curr. Op. in Struc. Biol., 54 : 10-18, 2019.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début  juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020). 


Entretien avec les membres du jury.
Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)