Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2019-2020.

Le stage se déroulera de janvier à juin 2020. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2020.

Responsable de l'équipe d'accueil

Poch
Olivier
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0368853295

Personne encadrant le stage

Mayer
Claudine
0607235116

Lieu du stage

CSTB
11 rue Humann
Strasbourg

Sujet du stage

Reconnaissance de plis protéiques par apprentissage profond
La connaissance du pli des domaines protéiques est cruciale pour comprendre la fonction des protéines et leur détermination repose principalement sur des méthodes expérimentales (cristallographie, RMN, cryomicroscopie électronique). À ce jour, plus de 140 000 structures protéiques sont disponibles dans la PDB (Protein Data Bank), qui se répartissent en environ 1 300 plis différents. On estime que quelques milliers de plis différents peuvent exister dans le monde vivant pour environ 110 millions de séquences, faisant de la problématique de la prédiction des plis une problématique de classification. Les intelligences artificielles (IA) sont bien adaptées à ce problème de classification, notamment en utilisant l'apprentissage profond. Afin d’entrainer et de tester ces IA, différents benchmark ont été conçus à partir de séquences dont le pli est déjà connu et issues de la base de données de classification structurale SCOPe. Après avoir comparé plusieurs méthodes d'apprentissage automatique pour la prédiction des plis, nous avons montré que la méthode la plus efficace est basée sur le traitement de 54 descripteurs appliqués au jeu de données EDD dans un ensemble de réseaux neuronaux. Le classificateur créé présente une précision de 87 %, légèrement inférieure à celle obtenue dans la littérature, mais avec moins de descripteurs (50 contre 400) et moins de temps de calcul. De plus, lors d'une analyse structurale des données utilisées par ces différentes IA décrites dans la littérature, nous avons mis en évidence divers problèmes inhérents aux données qui pourraient conduire à un biais dans l'efficacité prédictive de ces algorithmes d'apprentissage automatique. L’objectif du stage est de poursuivre ces travaux, d’une part en approfondissant l’analyse des jeux de données disponibles afin d’en constituer de nouveaux, et d’autre part d’améliorer le classifieur déjà créé voire de mettre en place de nouvelles approches d’apprentissage automatique.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début  juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020). 


Entretien avec les membres du jury.
Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)