Stage M2S4 (2019-2020)
Bonjour,
Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2019-2020.
Le stage se déroulera de janvier à juin 2020. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2020.
Responsable de l'équipe d'accueil
Personne encadrant le stage
Lieu du stage
Centre INRA de Versailles
INRA RD 10 - Route de Saint-Cyr 78026 VERSAILLES CEDEX
Sujet du stage
Une preuve de concept a été réalisée sur le blé pour développer un pipeline de fouille de texte permettant de collecter ce type d’information dans des articles, de les annoter sémantiquement et de donner accès au corpus bibliographique dans un portail de recherche (e.g. https://urgi.versailles.inra.fr/wheatis/ avec la recherche « yield rust ») aux côtés de jeux de données expérimentales. L’URGI propose un stage de Master visant à automatiser l’extraction des données depuis la littérature scientifique en s’appuyant sur ces premiers résultats.
Le premier objectif du stage sera donc d’automatiser le processus utilisé pour la preuve de concept en utilisant des technologies de type pipeline et containerisation (Nextflow, VRE, Jenkins, Docker, …). Ce travail se fera en collaboration avec l’équipe Bibliome de l’UMR MaIAGe. Cela permettra de générer un jeu de données à jour et de le publier dans le portail de
GnpIS de façon régulière. Cet objectif inclut la mise à jours des interfaces web de GnpIS pour améliorer la visualisation du text mining (les technologies utilisées dans GnpIS sont Elasticsearch, Spring Boot et Angular).
Le deuxième objectif consistera à généraliser ce processus à d’autres espèces en s’appuyant en particulier sur l’ontologie référençant les traits étudiés chez le blé (http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/WHEATPHENOTYPE) et sur le modèle de connaissance développés par l’équipe Bibliome. Un premier essai sera fait en utilisant la vigne comme cible. Un nouveau corpus bibliographique sera ainsi extrait des ressources internationales (PMC, Web of Science, Europmc, …). Parallèlement, l’ontologie de traits pour la vigne (https://urgi.versailles.inra.fr/ontology#termIdentifier=CO_356) sera utilisée pour enrichir la Wheat Phenotype Ontology qui sera ainsi étendue pour traiter plusieurs espèces. Une attention particulière sera portée sur les traits en lien avec la phénologie et la résistance aux maladies.
Ces travaux permettront de poser les bases de l’utilisation des outils disponibles actuellement en fouille de texte et alignement de vocabulaires nécessaire à l’extraction des connaissances dans la littérature. Cette infrastructure permettra d’enrichir les données déposées dans GnpIS avec des connaissances issues du text mining et permettant d’établir dans le futur des liens entre des gènes ou des régions génomiques et la variation de caractères phénotypiques.
Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant
L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).
Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.
L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
Rapport écrit (coefficient 8)
Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.
Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.
La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.
- Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple. - L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
- Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
- Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
- Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
Laboratoire d'accueil :
Responsable du stage :
Titre du rapport
Mots clés ………………….
Résumé .............................
Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10)
Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020).
Entretien avec les membres du jury. Questions : durée 12 mn (coefficient 12)
Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.
Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)
- You are here:
-
Home
- Les stages de M2S4 BSIB (2019-2020)