Bonjour,

Merci de déposer votre proposition de stage pour le M2S4 BSIB 2019-2020.

Le stage se déroulera de janvier à juin 2020. La soutenance est prévue vers le 15 juin 2020.

Responsable de l'équipe d'accueil

Burstin
Judith
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03 80 69 31 59

Personne encadrant le stage

Kreplak
Jonathan
03 80 69 34 70

Lieu du stage

INRA Dijon
17 rue Sully,
21000 Dijon

Sujet du stage

Intégration et interrogation de données -omiques via une base orientée graphe: Neo4j.
L’équipe Cible Protéagineux (ECP) appartenant à l’UMR Agroécologie(INRA Dijon) travaille depuis des années sur les légumineuses et particulièrement sur les questions de rendement et de résistance aux stress biotiques et abiotiques. Elle utilise pour cela des outils issus de la génétique mais aussi de la génomique et de la transcriptomique. Centré initialement sur le pois avec les publications de son transcriptome (Alves-Carvhalo et al, 2015) et de la première version du génome (Kreplak et al, 2019), le travail continue désormais sur d’autres espèces : la fève et la lentille.
L’un des principaux besoins en biologie actuellement est d’être capable de créer des bases de connaissances permettant de mettre en relation des données de plusieurs types (transcriptomique, génomique, génétique, phénotypage…), issues de plusieurs espèces et donc de les interroger de manière efficace et innovante.

Dans le cadre de ce stage de M2, nous proposons de construire une première base de connaissance sur les trois espèces travaillées dans l’équipe en utilisant une base de données NoSQL orientée graphe : Neo4j. Pour commencer, la base contiendra particulièrement des données génomiques, d’expression de gènes et de variations produites précédemment par l’équipe.

L’étudiant devra d’abord se familiariser avec les données disponibles et pourra s’appuyer sur le schéma d’une autre base en cours de conception. Il devra mettre en place des scripts d’intégration automatisés à l’aide de Nextflow et de python/R. Avec l’aide de suggestions de l’équipe, il interrogera la base créée selon quelques questions-type, et l’enrichira avec de nouveaux résultats d’analyses. Enfin, si le temps le permet, il réalisera pour ces questions-types, une interface utilisable par nos chercheurs.

Des connaissances des données génomiques en général, des bases de données, de la réalisation de workflows (Nextflow ou autre) et de python/R sont souhaitables.

Modalités de l’évaluation de l’UE « Stage expérimentale en laboratoire » de la mention de Master Sciences du Vivant

L’UE « stage expérimentale en laboratoire » se compose de 3 blocs pédagogiques de même coefficient : un rapport écrit (coefficient 8), une soutenance orale (coefficient 10) et une épreuve de réponses aux questions (coefficient 12).

Le jury est constitué de 5 membres au moins dont le responsable de la spécialité de Master. Des sous-jurys (par parcours) de 5 membres au moins dont un représentant du responsable de la spécialité de Master peuvent être constitués. Chaque rapport sera examiné par au moins 2 rapporteurs et 3 dans la mesure du possible. Les rapporteurs font partie du jury. Chaque rapporteur évaluera au minimum 3 rapports.

L’avis du maître de stage sera demandé sous forme d’un questionnaire standard et pourra être pris en compte par le président du jury lors de l’établissement de la note finale.
 

Rapport écrit (coefficient 8) 
 

Il a pour but d’évaluer les compétences de l’étudiant à rédiger un rapport scientifique écrit tant sur le fond que sur la forme. Les candidats seront jugés sur la cohérence de la démarche scientifique et sur l’enchaînement logique du travail plus que sur les résultats eux-mêmes. Il est rappelé que l'essentiel du travail exposé dans le mémoire doit représenter le travail effectif qu'a réalisé l'étudiant durant son semestre de stage.

Les candidats remettront 4 exemplaires papier du rapport de stage et une version informatique (format PDF), courrier adressé à Pr. Jean Cavarelli, date limite de réception sera communiqué aux étudiants.

La version PDF devra être déposée sur le site moodle UNISTRA, rubrique stage M2S4 BSIBB, tout au début du mois de juin (la date sera communiquée aux étudiants (début  juin en 2020). Les versions PDF et papier devront être identiques.

  • Toutes les parties du document seront rédigées en interligne de 1,5 en utilisant une police de type Times et des caractères de taille 12.
    Le rapport écrit devra obligatoirement comporter les parties suivantes : introduction, Matériels et Méthodes, Résultats, Discussion / Perspectives et n’excèdera pas 20 pages numérotées. Les pages seront imprimées en recto simple.
  • L’ensemble figures, tableaux, bibliographie ne dépassera pas 10 pages supplémentaires (non paginées). Les figures et leur légende sont présentées en regard du texte (Figures au verso, texte au recto de la page suivante). Les légendes des figures doivent permettre de comprendre les figures sans avoir besoin de consulter le texte, tout en évitant une trop grande redondance avec le texte.
  • Les modalités de présentation de la bibliographie sont celles de la revue CELL (revue généraliste dans laquelle les références sont indiquées dans le texte à l'aide des auteurs et de l'année de publication). Elles peuvent être retrouvées en utilisant un logiciel de type EndNote .
  • Le document sera complété par une page de sommaire et une page d’abréviations en début de rapport.
  • Chaque mémoire doit être accompagné d’un résumé d’une page au maximum (police type Times caractère taille 12, interligne 1,5). Ce résumé doit être suffisamment informatif pour permettre d'orienter le choix des rapporteurs qui examineront le manuscrit. Il devra comporter les informations suivantes :
    Nom et prénom du candidat : Spécialité de Master :
    Laboratoire d'accueil :
    Responsable du stage :
    Titre du rapport
    Mots clés ………………….
    Résumé .............................

 

Présentation orale : durée 12 mn (coefficient 10) 
 

Les soutenances auront lieu mi-juin. La date sera précisé au cours du semestre. Elle a pour but d’évaluer sur la forme et sur le fond les compétences des étudiants à exposer dans un temps limité un travail expérimental, à le situer dans son contexte et à en discuter la stratégie
expérimentale, les résultats et les perspectives. Le candidat devra déposer déposera une version pdf de son exposé oral sur le site moodle du stage la date sera communiquée aux étudiants (mi-juin en 2020). 


Entretien avec les membres du jury.
Questions : durée 12 mn (coefficient 12) 
 

Les questions visent à évaluer et à préciser les connaissances de l‘étudiant sur le thème abordé, son esprit critique et ses compétences expérimentales. Elles pourront ainsi porter sur les techniques mises en œuvre, leur principe, la culture générale dans le domaine abordé et plus généralement la capacité à analyser les résultats et à en dégager des perspectives.


Les questions pourront s’appuyer sur l’exposé oral et sur le manuscrit. Dans ce dernier cas, elles concerneront le fond et non la forme (orthographe, mise en page , etc …)