Stage Master

Contexte :
Les maladies rares sont définies comme celles affectant moins de 1 personne sur 2000 en Europe. L’ensemble des 8000 maladies rares affectent plus de 300 millions d’individus à travers le monde, dont 80 % ont une origine génétique. Malgré les nombreuses avancées dans la recherche biomédicale sur les 25 dernières années, l’étiologie moléculaire n’a été résolue que pour la moitié des maladies rares.
Un exemple emblématique des maladies génétiques rares est la classe des myopathies congénitales, qui est un groupe hétérogène de maladies musculaires présentes dès la naissance et dont certaines peuvent ne se manifester que tardivement. L’ensemble de la trentaine de gènes actuellement connus n’explique qu’environ 50 % des cas.
Malgré, l’avènement des nouvelles technologies de séquençage, l’entrave majeure à la résolution des cas reste le goulot d’étranglement que représente l’interprétation de l’impact des variations (Variant of Unknown clinical Significance).
Dans ce contexte, nous avons commencé à mettre en place une base de connaissance nommée PAMPAS (Pathological Mutations in Proteins via Aligments and 3D Structures ; http://lbgi.fr/pampas) pour permettre une meilleure évaluation des variations génétiques responsables de maladies au niveau de leur conservation de séquence, leur impact structural et leur contexte évolutif.

Sujet du stage :
Dans cette dynamique, le stage comportera deux parties :
(i) Une partie informatique – Cette partie consistera à continuer le développement de PAMPAS et d’implémenter de nouvelles fonctionnalités, telle que la prise en compte de nouveaux types de variations. Cette partie comprendra également des aspects de manipulation d’un schéma de la base relationnelle et de développement web pour l’interface graphique de PAMPAS.
(ii) Une partie bioinformatique – Cette partie correspond à l’application de PAMPAS pour l’étude des variations (distribution, statistique…) liées aux gènes de myopathies. Cette étape se fera en collaboration avec l’équipe de J. Laporte de l’IGBMC, spécialisée dans les myopathies congénitales.

L'étudiant(e) doit avoir des connaissances de programmation, être rigoureux/rigoureuse et organisé(e) dans son travail. Des notions en biologie seraient appréciées. Le stage se passera dans le laboratoire Systèmes Complexes et Bioinformatiques Translationelles (CSTB, Faculté de Médecine, Bat 3) et à l'IGBMC dans l’équipe de J. Laporte. L’interaction forte entre ces équipes offrira un cadre de recherche en informatique et bioinformatique translationnelle à ce stage.

Contacts :
Dr Luc Moulicier (This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.) ou Dr Olivier Poch (This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.)
CSTB Complex Systems and Translational Bioinformatics
Faculté de Médecine, ICube/UMR7357, CSTB
4 rue Kirschleger, F-67085 Strasbourg cedex