Stage Master

Les domaines PDZ constituent une grande famille de domaines globulaires capables de lier des motifs linéaires appelés "PBM" ("PDZ-Binding Motifs") généralement localisés à l'extrémité C-terminale des protéines cibles. Le seul protéome humain compte 266 domaines PDZ (le "PDZome"). Plusieurs oncoprotéines virales possèdent des PBM C-terminaux et interagissent avec certains domaines PDZ humains. Notre équipe a développé une approche expérimentale à haut débit permettant de quantifier, et donc de classer, les affinités d'interaction d'un PBM donné envers tous les domaines PDZ humains, chacun de ces domaines étant produit et testé isolément. Cette approche génère pour chaque PBM un "profil de liaison au PDZome" qui rend compte de la spécificité de reconnaissance particulière de chaque PBM. Le traitement et l'interprétation de ces données, produites en quantités massives, requièrent l'utilisation d'outils informatiques qui sont en cours de développement au laboratoire.
Pendant son stage de Master 2, l'étudiant participera au développement de ces approches ainsi qu'à leur application pour l'analyse et l'interprétation de ces données. De plus, il pourra également participer à la validation expérimentale des interactions les plus fortes et/ou biologiquement les plus intéressantes par des approches biophysiques telles que la Résonance Plasmonique de Surface (BIAcore).