Stage Master

Nous étudions la sensibilité des facteurs de transcription à la methylation de l'ADN et avons utilisé des données génomique disponibles dans la base de données The Cancer Genome Atlas (https://portal.gdc.cancer.gov/) afin de prédire les facteurs de transcription pouvant impacter les marques de méthylation de l'ADN dans différents cancers.
Le but de ce stage et de se familiariser avec le langage de programmation R et de developper une application web à l'aide du package R shiny (https://shiny.rstudio.com/) afin de pouvoir explorer et analyser les données sur lesquelles s'appuient nos prédictions.
Example d'application développée par un stagiaire précedent: TFmotifView (http://bardet.u-strasbg.fr/tfmotifview/)
Ce stage sera réalisé sous la direction d'Anaïs Bardet, chercheur en bioinformatique (http://anaisbardet.cnrs.fr/) dans l'équipe de Michaël Weber (http://bsc.unistra.fr/en/research-teams/team-weber/presentation/).