Stage Master

Le projet présente deux sujets distincts. Le premier sujet vise à mettre en œuvre de l'imagerie de levures et de cellules humaines par contraste de phase différentiel X (DPC) et fluorescence X (XRF) au synchrotron Soleil. Pour ce faire l'étudiant préparera des échantillons de cellules fixées en présence de divers agents chimiques pour cerner les conditions favorisant des images de haute qualité. Le couplage des modalités DPC et XRF renseigne sur l'état physiologique des cellules au moment de la fixation et sur les conséquences des traitements chimiques comme les protocoles de transfection. Au second semestre, nous poursuivrons ces travaux et nous exploiterons les résultats obtenus lors de l'automne 2019.
Le second sujet vise à étudier une séquence présente en amont d'un gène connu pour son rôle potentiel dans la réponse au stress chez la bactérie modèle d’étude de la dégradation du dichlorométhane (Methylorubrum extorquens DM4). Cette séquence est trouvée dans tous les génomes de la même espèce et du même genre (de 26 à 82 occurrences par génome), souvent en aval de régions codantes. En revanche, la séquence n’est pas retrouvée au voisinage du gène étudié dans ces souches. Lors de ce stage, l’étudiant analysera la distribution et la conservation de cette sequence, puis caractérisera la structure secondaire de l'ARN transcrit à partir de cette séquence. Les données de RNAseq disponibles seront également exploitées pour vérifier le taux d'expression de ces ARN non-codants. Au cours du stage de second semestre, nous complèterons les données bioinformatiques par une caractérisation basée sur des approches biochimiques.