Stage Master

Dans le cadre d'un projet France Génomique (france-genomique.org), le Genoscope réalise le séquençage de plusieurs génomes de tiques, dont Ixodes ricinus, vecteur de multiples pathogènes d'animaux vertébrés, comme la bactérie Borrelia burgdorferi responsable de la maladie de Lyme chez l'humain. L'analyse de ces génomes va permettre d'apporter un éclairage à l'échelle moléculaire de la diversité génétique de ces espèces, ainsi que sur la relation avec leurs pathogènes. L'approche choisie fait appel à plusieurs technologies allant du séquençage sur Illumina HiSeq4000 à l'exploitation de librairies Hi-C. La grande taille de ces génomes (environ 2Gb) et leurs hétérozygoties importantes représentent un challenge supplémentaire dans l'obtention de leurs séquences. Dans le but de procéder à des analyses de niveaux d'expressions des gènes d'Ixodes ricinus, les transcriptomes de plusieurs tissus de cette espèce ont été séquencés.
L'étudiant aura pour objectif de réaliser l'annotation de ces génomes. Pour cela, il devra mettre en oeuvre les méthodes et outils en usage au laboratoire pour la prédiction des gènes Eucaryotes, et au besoin les adapter aux propriétés des génomes étudiés. Ainsi, l'étudiant devra faire un état des lieux des ressources disponibles pour la prédiction de gènes appliquées aux génomes de tiques, les exploiter ainsi que les transcriptomes générés dans le cadre de ce projet, et proposer un set de gènes localisés sur chacun de ces génomes à la suite d'une validation experte.
Le stage se déroulera au sein d'une équipe d'environ une quinzaine de personnes impliquées dans différentes thématiques bioinformatiques, allant du séquençage à l'analyse des génomes et de transcriptomes (http://www.genoscope.cns.fr/rdbioseq). L'étudiant devra faire preuve d'esprit d'équipe, de curiosité et d'adaptation dans le travail qui lui sera confié. Il devra être familier avec l'environnement type unix, avoir des connaissances de bases dans les langages de script (comme perl, python, bash, awk ou R) et en biologie des génomes.