Stage Master

Le Genoscope participe à de nombreux projets visant à séquencer le génome d'organismes modèles. La plateforme de séquençage du Genoscope génère une grande quantité de données à l'aide de la technologie commercialisée par Oxford Nanopore Technologies (ONT, nanoporetech.com). Cette technologie permet de lire un fragment d'ADN qui transite dans un pore. Le passage du fragment d'ADN génère un courant électrique qui sera converti en bases à l'aide de logiciels, cette étape est appelée le basecalling. De nombreux outils de basecalling existent et permettent d'adresser différentes questions en fonction des caractéristiques du génome (contenu en GC, homopolymère, répétition ...) et de la question biologique (bases modifiées, ADN ou ARN). Le Genoscope souhaite intégrer et utiliser ces outils afin d'obtenir des données de haute qualité et adaptées aux projets de séquençage. La mission du stagiaire consistera à effectuer la veille technologique de ce domaine, d'évaluer les outils existants et d'intégrer les outils choisis au pipeline existant.
Le stage se déroulera au sein d'une équipe d'environ une quinzaine de personnes impliquées dans différentes thématiques bioinformatiques, allant du séquençage à l'analyse des génomes et de transcriptomes. L'étudiant devra faire preuve d'esprit d'équipe, de curiosité et d'adaptation dans le travail qui lui sera confié. Il devra être familier avec l'environnement type unix, avoir des connaissances de bases dans les langages de script (comme perl, python, bash, awk ou R) et en biologie des génomes.
Mots clés: Basecalling, Epigénétique, Traitement du signal, Oxford Nanopore
Référence: Performance of neural network basecalling tools for Oxford Nanopore sequencing (Genome Biology 2019)