Stage Master

L'ensemble des données du projet Tara Océans ont été générées à partir de la technologie commercialisée par Illumina. Cette technologie séquence des fragments de petites tailles, il faut donc passer par une étape d'assemblage pour reconstituer les gènes présents dans un
échantillon. L'arrivée du séquençage 'longue lecture' Oxford Nanopore Technologies (ONT) permet de s'affranchir de cette étape d'assemblage et donc, permettra en théorie de reconstituer des gènes plus complets. Dans ce contexte, nous proposons un stage orienté 'recherche en bioinformatique', visant à développer une méthode permettant de tirer parti de ces nouvelles données afin d'améliorer le catalogue des gènes existant.
Le stage se déroulera au sein d'une équipe d'environ une quinzaine de personnes impliquées dans différentes thématiques bioinformatiques, allant du séquençage à l'analyse des génomes et de transcriptomes. L'étudiant devra faire preuve d'esprit d'équipe, de curiosité et d'adaptation dans le travail qui lui sera confié. Il devra être familier avec l'environnement type unix, avoir des connaissances de bases dans les langages de script (comme perl, python, bash, awk ou R) et en biologie des génomes.