Stage Master

L’ADN est fréquemment exposé à l’action d’évènements génotoxiques, que ce soit par des agents exogènes comme les radiations ionisantes, des molécules mutagènes ou par le métabolisme cellulaire. Différentes mécanismes cellulaires permettent l’élimination et la réparation de ces lésions. Nous travaillons sur la voie de réparation par excision-resynthèse des nucléotides (NER), plus précisément sur le facteur TFIIH, un complexe multi-protéique composé de 10 sous-unités impliqué non seulement dans la voie NER mais également dans l’initiation de la transcription et sa régulation. Impliqué dans de nombreuses voies métaboliques, il interagit avec de multiples partenaires dont les acteurs de la transcription basale et activée ainsi que des facteurs de réparation de la voie NER dont le complexe de reconnaissance de la lésion XPC/HR23B ou l’endonucléase XPG.

Sujet : Le stage proposé se focalisera sur l’étude du complexe TFIIH dont 3 de ces sous-unités XPB, XPD et Cdk7 possèdent des activités enzymatiques et constituent des cibles thérapeutiques. Différentes options sont envisageables en fonction des intérêts de l’étudiant(e). (i) Le stage pourrait porter sur l’analyse des données structurales disponibles et en particulier du complexe TFIIH associé au facteur XPA déterminé par le groupe de P Cramer (Göttingen) avec des approches bio-informatiques. (ii) L’étudiant pourrait s’initier à l’analyse de particules isolées (microscopie électronique) en travaillant sur des données collectées au laboratoire. (iii) Un volet expérimental permettrait à l’étudiant(e) de se familiariser avec les approches biochimiques pour la préparation du complexe TFIIH et à la mise en place d’un test hélicase pour caractériser l’activité de l’hélicase XPD. Ces travaux s’inscrivent dans le cadre des travaux menés au laboratoire qui combinent des approches biochimiques, biophysiques et structurales pour étudier mieux comprendre les mécanismes de réparation de l’ADN.

Techniques: Pour un stage orienté sur des approches in silico, utilisation de logiciels pour l’analyse structurale par microscopie électronique et l’étude des relations structure/fonction (Relion, Chimera, Jalview, Clustal, ,,….). Pour un stage orienté sur des approches expérimentales, techniques de production et purification de protéines recombinantes, de caractérisation biochimiques et biophysiques.