Stage Master
Responsable de l'équipe d'accueil
Piganeau
Gwenael
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0033468887343
Personne encadrant le stage
Piganeau
Gwenael
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0033468887343
Lieu du stage
équipe GENOPHY (UMR7232 CNRS Sorbonne Université) Laboratoire Arago,
1 avenue Pierre Fabre
66650 Banyuls sur mer
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Sujet du stage
Détection des réarrangements intrachromosomiques dans les populations naturelles de la picoalgue planctonique Ostreococcus (Chlorophyta)
La première analyse de génomique de population naturelle de la picoalgue Ostreococcus tauri a révélé un nouveau type d'hypervariabilité chromosomique (Blanc-Mathieu et al. 2017). Cette hypervariabilité est encore peu quantifiable car elle se caractérise par des réarrangements massifs et des délétions insertions sur un chromosome de 300 à 600 kb. L'objectif de ce premier stage est de faire la synthèse des outils bioinformatiques existants pour caractériser et estimer ce type d'hypervariabilité à partir d'un jeu de données de génomique Illuminaseq et Nanopore.
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