Stage Master

Les orchidées sont associées à divers champignons endophytes. Ces derniers résident dans le tissu végétal sans causer de blessures ni de maladies apparentes à l'hôte. Ils pourraient avoir des effets bénéfiques sur les plantes hôtes en améliorant la croissance de l'hôte, en contribuant à une défense efficace de l'hôte contre les agents pathogènes herbivores, ou stress abiotique ou même encore en influençant le contenu en métabolites des plantes (métabolome).
Malgré leur importance biologique, peu de mécanismes moléculaires permettant d'établir et de maintenir cette relation sont connus. L'objectif de ce travail est donc d'identifier les métabolites impliqués à l’aide de la base de données GNPS.

En pratique, le métabolome de la plante hôte et de ses endophytes sera analysé par chromatographie en phase liquide couplée à un détecteur ultraviolet et à la spectrométrie de masse. La méthode analytique sera celle optimisée lors du stage de M2S3. Les données spectrales obtenues seront pré-traitées puis chargées sur le serveur GNPS (gnps.ucsd.edu/) afin de générer les réseaux moléculaires correspondants. Ces données seront comparées afin d’identifier les molécules présentes dans nos extraits. Une analyse en composantes principales sera réalisée afin de mettre en évidence les ions communs et ceux uniques à certains de nos extraits.
Ce travail est en collaboration avec une industrie. Des rapports mensuels seront réalisés ainsi que des réunions avec le partenaire industriel.