Stage Master

La douleur chronique est une cause majeure de troubles anxieux et dépressifs en population générale, et la compréhension des mécanismes neurobiologiques sous-jacents représente un enjeu de santé publique important. Notre équipe a développé depuis plusieurs années chez la souris un modèle dans lequel l’induction d’une douleur neuropathique chronique induit l’émergence progressive d’anomalies des réponses émotionnelles apparentées aux troubles anxieux et dépressifs (voir référence n°1). Notre objectif est maintenant de comprendre le rôle des mécanismes épigénétiques dans ce modèle. Nous avons pour cela généré des données de séquençage à haut-débit pour analyser la méthylation de l’ADN, une marque épigénétique majeure, en utilisant la technique d’EM-Seq (Enzymatic Methyl-sequencing). Le but de ce stage sera de contribuer à l’analyse de ces données, en utilisant une nouvelle approche appelée CluBCpG, centrée sur l’identification de cluster de profils de méthylation à l’échelle de lectures individuelles (voir référence n°2). Nous faisons l’hypothèse que CluBCpG permettra de mettre en évidence des modifications épigénétiques induites par la neuropathie qui ne seraient pas détectées par les approches traditionnelles, basées sur la comparaison de moyennes de niveaux de méthylation entre groupes d’échantillons. A plus long terme, les résultats devraient permettre d’identifier des sites génomiques individuels, sur lesquels nous focaliserons ensuite nos travaux pour approfondir la compréhension de leur rôle dans les conséquences affectives de la douleur chronique.

Référence
1) Yalcin et al, A Time-Dependent History of Mood Disorders in a Murine Model of Neuropathic Pain. Biological Psychiatry (2011) 70:946–953.
2) Scott et al, Identification of cell type-specific methylation signals in bulk whole genome bisulfite sequencing data. Genome Biology (2020) 21:156.