Stage Master
Responsable de l'équipe d'accueil
Poch
Olivier
This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
0368853295
Personne encadrant le stage
Thompson
Julie
This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
0368853295
Lieu du stage
Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg
ICube/UMR7357, CSTB
1 Rue Eugène Boeckel
67000 Strasbourg
ICube/UMR7357, CSTB
1 Rue Eugène Boeckel
67000 Strasbourg
Sujet du stage
Prédiction de sites d’épissages à l’aide d’une intelligence artificielle
La technologie à haut-débit génère d’énormes quantités de séquences génomiques brutes qui sont une source d’informations cruciales pour étudier et comprendre le vivant. Cependant, sans l’ajout de métadonnées, elles sont difficiles à exploiter et parfois même inutiles. Ce processus, souvent appelé 'annotation', permet notamment de caractériser la structure interne des gènes codant pour des protéines, qui se décompose chez la majorité des eucaryotes, en une mosaïque d’exons et d’introns. Cette complexité fait de l’annotation un défi capital que les chercheurs tentent de résoudre depuis plusieurs décennies. Une des difficultés consiste à localiser les sites d’épissage faisant la jonction entre les exons et les introns. Ainsi, de nombreux programmes informatiques ont été développés pour prédire les sites d’épissages, en s’appuyant sur des données validées d’organismes modèles (ex : souris, A. thaliana, levure...). Malheureusement, ces prédicteurs réalisent beaucoup d’erreurs et de nombreux gènes d’espèces modèles sont encore mal annotés.
Dans ce cadre, au sein de l'équipe CSTB, nous nous sommes intéressés au développement d’un nouvel outil de prédiction de site d’épissage multi-espèce. Ce programme se base sur des algorithmes d’intelligence artificielle et sur un jeu de données original. L’objectif du stage sera de participer au développement d'un modèle basé sur les réseaux de neurones artificiels qui permettra la prédiction de sites d’épissages.
Dans ce cadre, au sein de l'équipe CSTB, nous nous sommes intéressés au développement d’un nouvel outil de prédiction de site d’épissage multi-espèce. Ce programme se base sur des algorithmes d’intelligence artificielle et sur un jeu de données original. L’objectif du stage sera de participer au développement d'un modèle basé sur les réseaux de neurones artificiels qui permettra la prédiction de sites d’épissages.