Stage Master

Le computer-aided drug design, ou conception de médicaments assistée par ordinateur, recouvre ensemble de méthodes computationnelles. Quand la structure 3D de la cible thérapeutique est connue, une méthode de choix est le docking, qui prédit le mode de liaison d’un ligand à la cible.
Dans le cadre du stage, l’étudiant(e) travaillera à l’évaluation des solutions docking à l’aide du programme GRIM (Desaphy et al., J Chem Inf Model 2013), qui sélectionne les poses et trie les ligands potentiels par comparaison de modes de liaison de ligands de référence. Ce programme est basé sur la représentation de d’interactions moléculaires par un graphe et la comparaison de poses par détection par cliques. Il n’est applicable qu’aux protéines, dont il ne représente que les chaines peptidiques, les cofacteurs métalliques et les molécules d’eau liées.
En pratique, l’étudiant(e) réalisera une étude comparative (ou benchmarking) des versions 2013 et 2020 de Grim, selon la méthodologie publiée en 2013. De plus, il/elle sera impliqué dans le développement de paramètres pour l’extension de la représentation de la protéine, incluant les cofacteurs de type nucléotides.