Stage Master

Le computer-aided drug design, ou conception de médicaments assistée par ordinateur, recouvre ensemble de méthodes computationnelles. Quand la structure 3D de la cible thérapeutique est connue, une méthode de choix est le docking, qui prédit le mode de liaison d’un ligand à la cible.
La plupart des programmes de docking ont été développés pour être appliqué à des complexes entre protéine et ligands drug-like. L’objet de ce stage est d’évaluer l’applicabilité de programmes existants aux docking dans des acides nucléiques, à partir de l’état des lieux dressé par N Moitessier et son laboratoire (Luo J, Eur J Med Chem, 2019).
L’étudiant(e) réalisera une étude comparative (ou benchmarking) des programmes libres et disponibles au laboratoire. Il (elle) participera aussi au développement de l’outil du laboratoire GRIM, qui évaluation des solutions docking par comparaison de modes de liaison de ligands de référence (Desaphy et al., J Chem Inf Model 2013). Ce programme est basé sur la représentation de d’interactions moléculaires par un graphe et la comparaison de poses par détection par cliques. Il n’est à présent applicable qu’aux protéines.
L’étudiant(e) veillera à inclure dans les jeux de tests des exemples d’intérêts pour le laboratoire, c’est-à-dire des aminoglycosides liés au ribosome.