Stage Master
Responsable de l'équipe d'accueil
Lavalle
Philippe
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0682335015
Personne encadrant le stage
Lavalle
Philippe
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0682335015
Lieu du stage
Inserm U1121, Biomatériaux et Bioingénierie, Centre de Recherche en Biomédecine de Strasbourg, 11 rue Humann
11 rue Humann
11 rue Humann
Sujet du stage
Modélisation d’organisation de protéines / Biomatériaux
Contact : Dr. Philippe Lavalle, Inserm UMR_S 1121 : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Dr. Elise Duboué-Dijon, Laboratoire de Biochimie Théorique : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Dr. Fabio Sterpone, Laboratoire de Biochimie Théorique : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Mission :
Dans le cadre d’un projet de Maturation, le laboratoire de l’Inserm développe depuis plus de 3 ans des matériaux composés uniquement de protéines auto-assemblées. Ceci a déjà fait l’objet d’un brevet et d’un certain nombre de caractérisations physico-chimiques et biologiques. Plusieurs protéines ont été testées en y associant divers sels pour former de multiples types de matériaux. Le procédé est très innovant et les applications potentielles sont considérables mais le mécanisme précis de formation de ces matériaux reste à explorer. Ainsi la modélisation des structures protéiques pourrait répondre aux questions encore ouvertes et éventuellement permettrait de prédire quelle protéine associée à quel sel pourrait aboutir à un matériau cohésif et aux propriétés intéressantes. Notamment, grâce à la combinaison de la modélisation gros-grain et tout atome, on envisage d’explorer les mécanismes d’agrégation d’une protéine type, les surfaces en interaction, les possibles changements de conformation et le rôle d’écrantage du sel.
Activités :
• Fabrication des matériaux et réalisation d’expériences de biologie cellulaire pour l’évaluation des composants / biomatériaux.
• Mise en place de simulations gros-grain et analyse de simulations.
• Construction de modèles atomiques à partir de simulations gros-grains, simulations de dynamique moléculaire tout-atomes.
• Synthèses régulières des résultats et discussions orales avec l'équipe projet de l’Unité
Le candidat sera de formation biologiste (cellulaire, moléculaire) et/ou en bioinformatique. En cas d’absence de formation en modélisation, il sera formé rapidement mais devra avoir de l’appétence pour cela. Le candidat sera motivé, curieux et rigoureux, tout en étant autonome et capable d'adaptation. Il sera en permanence en intéraction avec les trois encadrants et sera donc capable de présenter des bilans et fournir des rapports écrits régulièrement.
Merci d’envoyer votre lettre de motivation et votre CV.
Dr. Elise Duboué-Dijon, Laboratoire de Biochimie Théorique : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Dr. Fabio Sterpone, Laboratoire de Biochimie Théorique : This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Mission :
Dans le cadre d’un projet de Maturation, le laboratoire de l’Inserm développe depuis plus de 3 ans des matériaux composés uniquement de protéines auto-assemblées. Ceci a déjà fait l’objet d’un brevet et d’un certain nombre de caractérisations physico-chimiques et biologiques. Plusieurs protéines ont été testées en y associant divers sels pour former de multiples types de matériaux. Le procédé est très innovant et les applications potentielles sont considérables mais le mécanisme précis de formation de ces matériaux reste à explorer. Ainsi la modélisation des structures protéiques pourrait répondre aux questions encore ouvertes et éventuellement permettrait de prédire quelle protéine associée à quel sel pourrait aboutir à un matériau cohésif et aux propriétés intéressantes. Notamment, grâce à la combinaison de la modélisation gros-grain et tout atome, on envisage d’explorer les mécanismes d’agrégation d’une protéine type, les surfaces en interaction, les possibles changements de conformation et le rôle d’écrantage du sel.
Activités :
• Fabrication des matériaux et réalisation d’expériences de biologie cellulaire pour l’évaluation des composants / biomatériaux.
• Mise en place de simulations gros-grain et analyse de simulations.
• Construction de modèles atomiques à partir de simulations gros-grains, simulations de dynamique moléculaire tout-atomes.
• Synthèses régulières des résultats et discussions orales avec l'équipe projet de l’Unité
Le candidat sera de formation biologiste (cellulaire, moléculaire) et/ou en bioinformatique. En cas d’absence de formation en modélisation, il sera formé rapidement mais devra avoir de l’appétence pour cela. Le candidat sera motivé, curieux et rigoureux, tout en étant autonome et capable d'adaptation. Il sera en permanence en intéraction avec les trois encadrants et sera donc capable de présenter des bilans et fournir des rapports écrits régulièrement.
Merci d’envoyer votre lettre de motivation et votre CV.
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