Stage Master

Les interactions protéine-protéine sont au cœur du fonctionnement cellulaire normal et pathologique. Historiquement les premiers modules d’interactions protéine-protéine caractérisés étaient des domaines structurés. Il a depuis été établi l’importance de réseaux établis entre certaines familles de domaines globulaires d’une part, et de courts motifs peptidiques destructurés d’autre part. Ces réseaux domaines – motifs représentent 15 à 40% de la totalité des interactions protéines-protéines. Les interactions protéines - protéines mises en oeuvre ont la particularité d’être transitoires et de faibles affinités, et sont de ce fait impliquées dans de nombreuses voies de signalisation cellulaires. Enfin elles sont souvent dérégulées dans les cancers, ou détournées par des pathogènes.

Notre équipe étudie les réseaux domaines-motifs en contexte physiologique ainsi que dans différents contextes pathologiques. Nous nous attachons en particulier à générer des données quantitatives, afin de (i) comprendre les phénomènes de compétition qu’établissent les protéines pathogènes, qu’elles soient mutées dans certaines maladies ou issues de pathogènes, avec les protéines cellulaires, et (ii) pouvoir corréler les effets perturbateurs qu’ont ces protéines pathogènes à différents niveaux (atomique, interactomique, transcriptomique, protéomique, phénotypique). Pour cela nous utilisons un panel de différentes approches complémentaires : (1) crystallographie de complexes protéiques, (2) quantification d’interactions protéines-ligands à moyen et haut débits, (3) protéomique et transcriptomique, et (4) bioinformatique.

Le projet de stage proposé s'inscrira dans cette thématique. En particulier, il s'agira de caractériser à très haut débit, par une méthode développée au laboratoire, des interactions domaines-motifs impliquées dans certaines voies de signalisation cellulaires et susceptibles d'être dérégulées dans les cancers. Certaines interactions d'intérêt pourront ensuite être étudiées plus particulièrement, par des approches crystallographiques et biochimiques à bas débit.

Dans le cadre d'un stage de M1 l'étudiant aura l'occasion de réaliser les différentes approches complémentaires nécessaires à ce type de projet. Un stage de M2 permettra la mise en place d'un projet spécifique, susceptible de se poursuivre en thèse. Ces stages nécessitent de la part des étudiants un intérêt pour le traitement de données à haut débit ainsi que pour la biochimie des protéines en général