Stage Master

Les facteurs de transcription (TF) caractérisés par un doigt de zinc binucléaire de type Zn2Cys6 sont spécifiques aux mycètes et abondants (plus de 120 000 séquences). Ils constituent des régulateurs majeurs de nombreux processus biologiques critiques au sein des champignons, y compris chez les pathogènes de l'homme, des animaux et des plantes. Sur la base de l'analyse des séquences, nous avons identifié et caractérisé une nouvelle famille de TF à Zn2Cys6, appelée famille CeGAL (pour Cep3 à GAL4, 2 membres bien étudiés) que nous proposons comme cibles potentielles pour le développement de nouvelles stratégies de traitement antifongique. Cette famille comprend environ 60 000 protéines partageant une faible identité de séquences mais une organisation en domaines commune.

Les seules données structurales d’un membre CeGAL concernent la protéine Cep3 et son complexe CBF3, impliqué dans la mise en place du kinétochore reconnaissant des centromères ponctuels. L’étude des relations séquence-structure-fonction de la protéine Cep3 et du complexe centromérique CBF3 nous a permis de montrer que Cep3 est limitée au Saccharomycetaceae (seul taxon des mycètes ayant un centromère ponctuel) et que toutes les Saccharomycetaceae ont une séquence Cep3. Afin de compléter les données structurales de cette famille de protéine, nous avons entrepris la modélisation de deux séquences divergentes de Cep3 et, en utilisant une des structures du complexe centromérique CBF3 de Saccharomyces cerevisiae, de leurs complexes centromériques correspondants. Afin de mieux comprendre comment des séquences divergentes de Cep3 pourraient s’intégrer dans leur complexe CBF3 et reconnaître l’ADN centromérique, l’objectif du stage est de poursuivre les travaux de modélisation par l’analyse et l’amélioration des modèles déjà réalisés, mais aussi par la modélisation d’autres séquences de Cep3.